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在NCBI上上传ITS序列

在NCBI上上传ITS序列

作者: 路人里的路人 | 来源:发表于2022-08-09 11:49 被阅读0次

    打开NCBI的submit页面,点击my submission按钮,选择Genbank。

    图片一
    点击new submission
    图片二
    submissionnal共有九步,分别为
    第一步Submission Type,在What do your sequences contain?项选择rRNA or rRNA-ITS,在What type of rRNA or rRNA-ITS项选择Eukaryotic nuclear rRNA or rRNA-ITS,在What do these eukaryotic nuclear rRNA or rRNA-ITS sequences contain项选择 contains rRNA-ITS region,以上各项都可以按实际需要进行选择,然后点击continue按钮。
    第二步Submitter,确认上传者有关信息,按要求填写带*的都是必填项。填完后点击continue。
    图片三
    第三步Sequencing Technology,在What methods were used to obtain these sequences项选Illumina,在These sequences are:项选Assembled sequences,在 Assembly program和version or date项分别填Illumina Novaseq Platform和Illumina Hiseq 2000,填写完毕后点击continue。该步的序列获取技术也是按照实际条件进行填写。
    第四步Sequences,在When should this submission be released to the public?项
    选择Release on specified date ,在Upload a nucleotide [FASTA]formatted file项选择需要上传的序列,必须是FASTA格式文件,且可同时包含多个序列,但每个序列的命名不要重复,最好是SEQ1...这种,具体可参考服务器中的软件使用方法文件夹,填写完毕后点击continue。
    第五步Source Information,在Do your sequence IDs represent one of these?项选择isolate,在how do you want to apply项选upload a tab并填写好source modifiers文件,服务器里面也有,填写完毕后点击continue。
    第六步Source Modifiers,在how do you want to apply source apply项选Use an editable table,在Apply source modifiers by editing a table项按要求进行填写,其中organism为物种名,isolate为自己标记的序号,如sampleA。填写完毕后点击continue。
    第七步Unknown organism names,如果弹出Unknown organism names问题,就按图片五进行填写。填写完毕后点击continue。
    图片五
    第八步reference,参照图片六按需进行填写。
    图片六
    第九步review,检查genbank中有无错误,若无错误,则点击submit完成上传。

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