跟着Nature microbiology学画图:R语言phea

论文

Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVID-19 pandemic

image.png

本地文件 s41564-020-0771-4.pdf

代码和数据下载链接

https://github.com/plemey/SARSCoV2origins

今天的推文我们来重复一下论文中的 Figure5 a

image.png

加载R包

library(pheatmap)
library(tidyverse)
library(viridis)

读取数据

all_rscu <- read_csv('all_rscu_codonBiasReanalysis.csv')

选取数据集的2到26列

all_df <- as.data.frame(all_rscu[,2:26])

给数据集赋予行名

row.names(all_df) <- all_rscu$codon

画热图

pheatmap(all_df,
         cluster_rows = F,
         scale = 'none',
         fontsize_row = 5,
         fontsize_col = 10,
         color = magma(50),
         border_color = NA,
         cutree_cols = 4
)

image.png

论文中提供的代码到这里就结束了,但这个结果和论文最终使用的图还是有很大的区别的。

• x轴的字体如果是拉丁名会调整为斜体，这个如何调整可以参考视频

• x轴还添加了表示分组的线段和文字，这个如何用代码实现暂时还搞不定了，想到办法再来介绍

• 图例由左侧改到了底部，并且改成了水平，而且添加了文字标题。暂时不知道用代码来如何实现了

大家如果知道对应的解决办法欢迎留言！

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