WGDI软件（一）：安装与配置

前言

WGDI软件对于比较基因组分析非常实用，能够分析全基因组复制事件，识别同源区块，画共线性点阵图，求ka、ks值等，小编接下来先带你安装该软件

安装环境及配置软件

（1） python3 #该软件使用python3环境

（2）pal2nal #序列比对软件

（3）muscle #最常用序列比对软件

（4）PAML #综合的软件包，包含yn00、mcmctree、codeml等模块，WGDI会用到yn00，用来计算ka、ks值

（5）IQ-TREE #快速构建ML树软件

pal2nal

wget http://www.bork.embl.de/pal2nal/distribution/pal2nal.v14.tar.gz
tar -pzxvf pal2nal.v14.tar.gz

muscle

mkdir muscle3.8.31
cd muscle3.8.31
wget http://www.drive5.com/muscle/downloads3.8.31/muscle3.8.31_i86linux64.tar.gz
tar -pzxvf muscle3.8.31_i86linux64.tar.gz
mv muscle3.8.31_i86linux64 muscle

PAML

wget http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml4.9j.tgz
tar -pzxvf paml4.9i.tgz
cd paml4.9i
rm bin/*
cd src
make -f Makefile
cp baseml basemlg chi2 codeml evolver infinitesites mcmctree pamp yn00 ../bin

IQ-TREE

wget https://github.com/Cibiv/IQ-TREE/releases/download/v1.6.12/iqtree-1.6.12-Linux.tar.gz
tar -pzxvf iqtree-1.6.12-Linux.tar.gz

WGD软件安装与配置

pip3 install wgdi -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple #使用pip3工具安装，需要先装好python3，并添加环境变量或使用pip3所在绝对路径
cd path/Python-3.8.6/lib/python3.8/site-packages/wgdi #WGDI软件安装成功后，执行程序会在类似于小编的这个路径下
vim conf.ini #编辑conf.ini配置文件，找到上边安装的软件的对应执行程序，做类似以下修改

[ini]
mafft_path = /software/mafft-7.471/bin/mafft
pal2nal_path = /software/pal2nal.v14/pal2nal.pl
yn00_path = /software/paml4.9i/bin/yn00
muscle_path = /software/muscle3.8.31/muscle
iqtree_path =  /software/iqtree-1.6.12/bin/iqtree

结语

配置完以上配置后，就可以使用该软件了，关于该软件的具体使用方法和示例，见小编的后续博客。。。