前言
小编的上一篇博客介绍了WGDI软件画单个物种的dotplot图，参加 WGDI软件（二）：单个物种共线性点阵图-dotplot,接下来小编带你画两个不同物种的dotplot图。小编选的是雷公藤和葡萄基因组，雷公藤在和葡萄发生分化后自己发生过一次WGT事件，文献原文见Genome of Tripterygium wilfordii and identification of cytochrome P450 involved in triptolide biosynthesis。
准备文件
首先准备好雷公藤和葡萄的基因组和gff3文件，并处理得到Vvin.len、Twi.len、Vvin.gff、Twi.gff、Twi.pep.fa、Vvin.pep.fa六个文件（处理方法见上一篇博客）
然后准备雷公藤和葡萄蛋白比对文件Twi.Vvin.blastp
./diamond makedb --in Twi.pep.fa --db Twi.pep.fa
./diamond blastp --db ../Twi.pep.fa --query Vvin.pep.fa --outfmt 6 --evalue 1e-5 --max-target-seqs 20 --out Twi.Vvin.blastp
dotplot图绘制
获取配置文件模板并修改配置文件
wgdi -d ? >> total.conf
total.conf配置文件修改成如下所示
[dotplot]
blast = Twi.Vvin.blastp
gff1 = Vvin.gff
gff2 = Twi.gff
lens1 = Vvin.len
lens2 = Twi.len
genome1_name = Vvin
genome2_name = Twi
multiple = 1
score = 100
evalue = 1e-5
repeat_number = 10
position = order
blast_reverse = false
ancestor_left = none
ancestor_top = none
markersize = 0.5
figsize = 16,12
savefig = Twi.Vvin.png
运行脚本
wgdi -d total.conf
结果展示
图1.Twi.Vvin
图2.Twi.Vvin-2.png
结果
（1）图1为WGDI画出来的dotplot图，图2为quota软件画出来的dotplot图，两个软件都是基于blastp的结果进行画图
（2）对比可以发现，quota软件展示的结果在WGDI里基本上都能找着，能给得出与文章一致的结论（近期发生过三倍化），并且WGDI能展示更多的信息
WGDI与其他软件比较
画dotplot图的软件很多，小编使用过mummer、JCVI还有quota，每个软件有各自的特点，总的来说，WGDI是最人性化的一款软件，可以通过简单修改配置文件对输入文件进行过滤画图，并能够很方便调整图片的性状大小
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