整理了一些目前知道的与组学相关的工具，可能不全面，欢迎补充
基因组学
一代组装
- Celera Assembler: 最具代表性的工具
二代组装
- Minia
- SPAdes: 细菌基因组常用
- ALLPaths-LG
- SOAPdenovo2: 华大出品
- SGA
泛基因组分析
三代contig组装
- falcon: PacBio专用组装工具
- Canu: 老牌工具，资源消耗大
- MECAT: 高效的三代组装工具
- MECAT2: PacBio专用组装工具
- NECAT: Nanopore专用组装工具
- NextDenovo: 可用于Nanopore的组装工具
- FLYE
- SMARTdenovo
- WTDBG2: 不对原始数据纠错,快速的组装工具
- Shasta: Nanopore组装工具
- HASLR: 快速混合组装长reads（PacBio或Nanopore）和二代数据
GFA相关
GFA是目前组装比较认可的格式
三代组装polish
- Pilon: 利用二代进行polish
- Racon: 利用三代进行polish
- NextPolish: 利用二代进行polish
- Medaka: 利用三代对Nanopore进行polish
去除冗余序列
辅助组装
使用遗传图谱，光学图谱，Hi-C和物种间共线性对contig进行scaffold的工具
HiC
- SALSA: 高效率，能纠错使用GFA信息
- HiCAssembler: 借鉴了3D-DNA
- 3D-DNA: 搭配JuicerBox效果极佳（但是速度有点慢）
- ALLHiC: 多倍体HiC组装
- LACHESIS: 古老的工具，已不再维护
- HiC-Pro
- HiCPlotter：HiC数据可视化
- HiPiler: 对HiC数据进行可视化的交互式网页工具
光学图谱
- Bionano Solve: BioNano提供的一系列分析脚本工具
- BIONANO ACCESS: BioNano提供的网页工具
- OMSV: 基于光学图谱鉴定SV
- OMTools: 光学图谱数据处理，分析和可视化
遗传图谱
整合工具
- ALLMAPS: 可以整合多张图谱做一套比较好的染色体组装
组装质量评估
重复序列注释
基因注释
从头预测
注释流程
WGD分析
基因组进化
同源分析
- OrthoFinder: 可以推断直系同源组和直系同源基因
- OrthoMCL
- OrthoCluster
- InParanoid
全基因组比对软件
共线性分析
共线性可视化
群体结构
结构变异
二代数据
- iSVP
- intansv: 对多个软件的结构变异鉴定结果进行整合和可视化
- SpeedSeq
- novoBreak
- HugeSeq
- Delly
- freebayes
- Pindel
- LUMPY
- MetaSV
- FusorSV
- Manta
- Parliament2
- BreakDancer
- BreakSeq2
- CNVnator
三代数据
综合性工具
- multibreak-sv: 支持检测二代和三代数据中的结构变异
基因组可视化
系统进化
多序列比对
多序列比对可视化
进化模型选择
进化树构建
- MEGA: 功能全面的进化树构建工具，包括序列编辑、进化树构建、祖先序列重构、进化模型选择、选择压检验等
- Mesquite: 提供ML和MP方法构建进化树
- PHYLIP：提供NJ，ML和MP方法构建进化树
- PhyML：提供ML法构建进化树
- PAUP：提供MP法构建进化树
- PAML：提供ML法构建进化树
- MrBayes：提供贝叶斯法构建进化树
- IQ-TREE: 使用ML法快速构建进化树
- BEAST: 提供贝叶斯法构建进化树
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