日常瞎掰
CistromeDB做为表观方面的数据库分析收藏了很多公开发表的表观数据,包括人和小鼠的转录因子、组蛋白。这里就不再详细介绍数据库的页面了,如果想知道可以打开数据库自己的Documentation页面观看。其实这个主网站还有很多其他功能,这里也不再赘述,想了解的可以自行前往Cistrome。
下载bigwig文件
当我们想从CistromeDB数据库里面下载数据时应该怎么操作呢?首先肯定是根据关键字搜索数据库,然后在查询结果中选择一条数据记录,如下图所示:
如果只是想在看一下这个数据的信号情况可以单击右边的WashU Brower或者UCSC Brower按钮,会直接弹出新的页面显示信号情况。如果想要下载数据到本地,下载peak文件的话可以直接单击BED Peaks按钮,会出现两个选项,选择Download to My Computer
就会下载文件到自己的电脑,如下图所示:
如果想直接下载bigwig文件,直接单击BIGWIG File按钮,只会出现一个Sent to Analysis Pipeline
选项,好像没办法直接下载,如下图所示:
这个时候该如何快速下载bigwig文件呢?第一种方法就是直接单击Sent to Analysis Pipeline
选项,页面就会跳转到Galaxy公共服务器界面,然后注册一个账户,将数据添加进去可以便可以下载,而且还可以利用里面提供的流程做一些其他分析;第二种就是直接下载数据,首先单击WashU Brower
(想下载数据只能是这样浏览器),数据就会在新的页面打开,然后将页面下滑到数据展示的位置,如下图所示:
然后将鼠标放到左边bigwig文件的地方,单击鼠标右键,会弹出如下图所示的界面:
接着单击More information,想要的数据下载链接就呈现出来,然后点击Copy
按钮,如下图所示:
最后,将拿到的数据链接直接复制到新的浏览器页面地址栏然后回车,数据就开始下载了,当然你也可以直接用服务器的wget去下载,下载到哪就随你的心意了。
结束语
做为表观方面的数据库,Cistrome里面数据还是比较全面的,不管是在线浏览还是从上面直接下载处理好的peak和bigwig文件都是相当方便的。如果想下载数据的fastq文件也是可以的,因为数据信息中也提供了NCBI的链接。
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