参考文章一
参考文章二
bedops
我的批处理代码
需要安装bedops，安装过程见官网或者使用conda
for i in `ls *.gtf`; do
awk '{ if ($0 ~ "transcript_id") print $0; else print $0" transcript_id \"\";"; }' ${i} | gtf2bed > ${i%.gtf*}.bed
done
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需要安装bedops，安装过程见官网或者使用conda
for i in `ls *.gtf`; do
awk '{ if ($0 ~ "transcript_id") print $0; else print $0" transcript_id \"\";"; }' ${i} | gtf2bed > ${i%.gtf*}.bed
done
参考文章一参考文章二bedops我的批处理代码需要安装bedops，安装过程见官网或者使用conda
基因组注释gtf文件或bed6文件转bed12文件 上一篇详细介绍了bed格式，尤其清楚的解释了bed格式中的最后...
首先将基因组gtf文件转换为bed： perl /media/shen/disk3/biosoft/gtf2bed...
由gtf文件得到含CDS坐标的bed文件，并提取CDS序列 首先要注意，gtf文件的序列起始坐标减一，才是bed文...
gtf需要sort不？ 需要特定工具转是因为gtf的起始坐标为1 bed的起始坐标为0 【1】sort的话：用ig...
bed文件的定义：【生信】数据格式：bed12格式详解 - 简书 (jianshu.com)[https://ww...
bedops可以将gtf较为方便转化为bed文件，但是对在igv中展示基因结构不太适合采用如下python代码可以...
前面介绍了gtf转bed6格式的脚本(点我查看).但bed6格式的注释文件包含信息有限,没有包含基因结构信息.下面...
参考自 https://www.biostars.org/p/64346/[https://www.biostar...
本文标题：GTF 转化为bed文件
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/efrkpctx.html
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