参考自 https://www.biostars.org/p/64346/
方法： 利用UCSC的bedToGenePred和genePredToGtf进行转换 下载可以用conda下载
bedToGenePred combined.bed /dev/stdout| genePredToGtf file /dev/stdin combined.gtf
#gtf第二列可以改个名字 下面就是改成new
sed -i 's/\/dev\/stdin/new/g' combined.gtf
参考自 https://www.biostars.org/p/64346/
方法： 利用UCSC的bedToGenePred和genePredToGtf进行转换 下载可以用conda下载
bedToGenePred combined.bed /dev/stdout| genePredToGtf file /dev/stdin combined.gtf
#gtf第二列可以改个名字 下面就是改成new
sed -i 's/\/dev\/stdin/new/g' combined.gtf
首先将基因组gtf文件转换为bed： perl /media/shen/disk3/biosoft/gtf2bed...
参考自 https://www.biostars.org/p/64346/[https://www.biostar...
基因组注释gtf文件或bed6文件转bed12文件 上一篇详细介绍了bed格式，尤其清楚的解释了bed格式中的最后...
由gtf文件得到含CDS坐标的bed文件，并提取CDS序列 首先要注意，gtf文件的序列起始坐标减一，才是bed文...
今天在使用 RseQC 时需要将参考基因组 GTF 文件转换为 bed12 文件，下面是记录下来的方法： 用到的工...
1、gff文件转换gffread：将gff文件转换为gtfgtfToGenePred：将gtf转换为GenePre...
bed 文件格式转换为bam文件利器 #示例文件: rmsk.hg18.chr21.bed #构建 GENOME文...
生物信息分析常用文件格式和软件 文件格式 数据格式 fastq fasta 注释 gtf gff bed bcf ...
前面介绍了gtf转bed6格式的脚本(点我查看).但bed6格式的注释文件包含信息有限,没有包含基因结构信息.下面...
bigwig转bed文件首先需要将bigwig转为wig文件 利用BEDOPS的 wig2bed]将wig文件转 ...
本文标题：bed文件转换为gtf文件
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/tjxhwktx.html
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