gtf需要sort不？
需要特定工具转是因为gtf的起始坐标为1
bed的起始坐标为0
【1】sort的话：用igv的sort功能
【2】转：
gtf2bed < gene.sorted.gtf | head
gtf2bed < gene.sorted.gtf > gene.bed
gtf2bed < gene.sorted.gtf | awk 'BEGIN{FS="\t";OFS="\t"}{print $1,$2,$3,$4,$5,$6}' > gene_6.bed
gtf2bed < gene.sorted.gtf | awk 'BEGIN{FS="\t| |;";OFS="\t"}{print $1,$2,$3,$23,$5,$6}' > gene_6.bed
gtf需要sort不？ 需要特定工具转是因为gtf的起始坐标为1 bed的起始坐标为0 【1】sort的话：用ig...
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用gffread进行转换 1.gff格式转gtf 2.gtf转gff
本文标题：gtf转bed
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