Cytoscape

1. 官网

https://cytoscape.org/index.html

2. GitHub

https://github.com/cytoscape/cytoscape

3. 教程

https://zhuanlan.zhihu.com/p/220527695

http://www.bio-info-trainee.com/tag/cytoscape

https://www.jianshu.com/p/c0730a5285d1
https://www.jianshu.com/p/1d9b3e7e229b
https://www.jianshu.com/p/6e60b720a8f0

4. 使用

4.1 在Linux系统下打开Cytoscape

bash /path/to/cytoscape.sh

4.2 导入数据

导入表格形式的数据：
File -> Import -> Network From File

导入以后一定对导入数据每一列的属性进行规定：

选择node属性
选择edge属性

4.3 对edge样式进行调节

此例中调整为edge的颜色和宽度随着weight数量而变动：

调整edge的颜色随着weight数量而变动:

调整edge的颜色随着weight数量而变动

调整edge的宽度随着weight数量而变动:

调整edge的宽度随着weight数量而变动

5. Cytoscope App Store

https://apps.cytoscape.org/

Cytoscope App Store

6. 插件

6.1 GeneMANIA

http://genemania.org/
http://www.360doc.com/content/18/0410/10/42030643_744385259.shtml

6.2 iRegulon

https://cloud.tencent.com/developer/article/1854018
https://www.jianshu.com/p/51d9e2143fb7
https://zhuanlan.zhihu.com/p/156613539
http://www.360doc.com/content/18/0524/11/42030643_756605046.shtml

7. 向已有网路中导入新的一列

• 1. 要注意用来mapping的一列保持一致，不要有缺少的项
• 2. 主要在创建新导入的列时，谨慎选择正确的列类型；程序并不会根据实际情况来识别，只能自己在创建的时候规定好列类型