Cytoscape是一款图形化显示网络并进行分析和编辑的软件,它支持多种网络描述格式,也可以用以Tab制表符分隔的文本文档或Microsoft Excel文件作为输入,或者利用软件本身的编辑器模块直接构建网络。Cytoscape还能够为网络添加丰富的注释信息,并且可以利用自身以及第三方开发的大量功能插件,针对网络问题进行深入分析。
安装
我使用的是conda安装的该软件
conda serach Cytoscape
conda install cytoscape
下载软件包后运行如下命令就可以使用该软件
sh /home/../miniconda3/envs/java/bin/cytoscape.sh
目前只是安装GSEA顺便安装了一下该软件,还没有使用,后续再更新。
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