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protein-protein interaction (PPI

protein-protein interaction (PPI

作者: Peng_001 | 来源:发表于2020-05-02 13:32 被阅读0次

    参考:https://www.bilibili.com/video/BV1b7411m7Jg/?spm_id_from=333.788.videocard.0
    up主:誉川中医药

    一般从TCMSP或SWIss 等数据库构建了药物-靶点信息,以及通过OMIM、genecard或DisGeNET等构建疾病-靶点信息后,就是找寻二者的交集。
    即 药物-靶点-疾病,以共有的靶点构建一个网络分析。

    但有的时候找寻的交集靶点信息较少。或者想要了解靶点的作用关系。这时候可以借助PPI,进行拓展。

    STRING数据库

    STRING数据库 https://string-db.org/
    选择多靶点分析,便可以将交集靶点上传上去。


    这里我随便选了一小部分的gene,仅用于测试。

    会提供相当多的信息


    相互作用类型或者预测的相互作用

    还可以根据需要调整设置选项



    置信度最好选择高一些。

    通过选择多层联系的互作蛋白,可以扩充PPI网络。



    通常来说最好将文件到处为.tsv,再在cytospace中作进一步处理。(分开某个基因的第一层互作与其他层互作)

    将下载的tsv 文件导入cytospace


    在tool-> network analysis 里选择 generate style from statistic


    可以进行一些设定,并根据布局调整视图。
    并且可以通过ctrl/command+6 来选定与某一节点有直接作用的所有节点,进行选定。

    再多按一次ctrl/command+6,便可以囊括间接作用的靶点,以此类推。

    此时若选中ctrl/command+N,便可以提取之前一步选中的靶点

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