参考：https://www.bilibili.com/video/BV1b7411m7Jg/?spm_id_from=333.788.videocard.0
up主：誉川中医药
一般从TCMSP或SWIss 等数据库构建了药物-靶点信息，以及通过OMIM、genecard或DisGeNET等构建疾病-靶点信息后，就是找寻二者的交集。
即 药物-靶点-疾病，以共有的靶点构建一个网络分析。
但有的时候找寻的交集靶点信息较少。或者想要了解靶点的作用关系。这时候可以借助PPI，进行拓展。
STRING数据库
STRING数据库 https://string-db.org/
选择多靶点分析，便可以将交集靶点上传上去。
这里我随便选了一小部分的gene，仅用于测试。
会提供相当多的信息
相互作用类型或者预测的相互作用
还可以根据需要调整设置选项
置信度最好选择高一些。
通过选择多层联系的互作蛋白，可以扩充PPI网络。
通常来说最好将文件到处为.tsv，再在cytospace中作进一步处理。（分开某个基因的第一层互作与其他层互作）
将下载的tsv 文件导入cytospace
在tool-> network analysis 里选择 generate style from statistic
可以进行一些设定，并根据布局调整视图。
并且可以通过
ctrl/command+6 来选定与某一节点有直接作用的所有节点，进行选定。
再多按一次
ctrl/command+6，便可以囊括间接作用的靶点，以此类推。
此时若选中ctrl/command+N，便可以提取之前一步选中的靶点
网友评论