示例:确定蛋白浓度
1951 年, Oliver Lowry描述了使用苯酣福林试剂测量蛋白质含量的流程。 该方法测 试的优点在于(相比于如凯氏定氮法等)多个样品可以使用光度计快速地进行测量。 其普 遍适用性使得 Lowry 的论文成为一直以来引用最多的文章。
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在 Lowry 的试验中,需要记录一系 列已知蛋白质浓度样本的消光值,从中 构建一条最吻合的直线,然后可以通过在直线上找到未知样品浓度的消光值来 确定其浓度。早在 1951 年,最佳拟合线 是在纸上绘制的(见图 7. 1),未知样品需 要手工确定。
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本文大部分以 Lowry 消光值数据为例讲解如何用 Python 处理大量样本数据。 Lowry 的文献中给出了一个 标准的系列示例,参见 Table IV(Measurement of Small Amount of Protein from Rabbit Brain) ,他检测了18 个兔脑组织样本的蛋白质浓度,一共 6 种浓度各检验 3 次,获得了表 7.1 的值。
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这个表可以很容易地从文件解析得到。但计算最佳拟合线只需要一组 x/y 值, 即一 个两列的表。因此,用于计算未知蛋白质样 本浓度,需要单独的蛋白质浓度-消光值对列 表(见表 7.2) 。
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如何将原始数据表(表 7. 1)转换为更简单的表(表 7.2)? 在下面的 Python 会话中,会对初始表,即包含数个列表的列表执行一些操作步骤,将一个新函数zip() 使用两次:第一次,将表调转了 90° ,第二次,组合表中的两列以获得一个新的二维表。
Python 会话示例
table = [
['protein','ext1','ext2','ext3'],
[0.16,0.038,0.044,0.040],
[0.33,0.089,0.095,0.091],
[0.66,0.184,0.191,0.191],
[1.00,0.280,0.292,0.283],
[1.32,0.365,0.367,0.365],
[1.66,0.441,0.443,0.444]
]
table = table[1:]
protein,ext1,ext2,ext3 = zip(*table)
extinction = ext1+ext2+ext3
protein = protein*3
table =zip(protein,extinction)
for prot,ext in table:
print(prot,ext)
输出结果为:
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其上面代码的含义将在下期介绍!
日常结尾:
虽然这是个小小的计算程序,但对于初学者的我来说每一次对原代码的升级改造,哪怕是读懂后的注释都感觉是一次进步提升,总之代码虽小,动手最重要!希望更多学习Python的爱好者不要像我一样眼高手低,学习编程就是要,思考,敲码,思考,敲码,敲码,再敲码!!
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