科技部、财政部、国家税务总局以国科发火〔2016〕32号印发修订后的《高新技术企业认定管理办法》。也就是说很多在2015年按照老办法认定的高新技术企业在2018年重新认定的时候需要按照新办法。此外，2014年以来，全面取消非行政审批许可审批的一系列简政放权政策，在税收优惠方面给予了企业更大的自主权，但如果政策把握不准或者税务管理不规范，将面临更大的税务风险。新形势下，高新技术企业如何进行有效的税务管理，需要企业财务人员和税务管理人员需要特别关注。
修订后的高新技术企业认定管理办法，对申请高新技术企业的条件进行了详细的规范，很多没有明确的政策和规定，都增加了细致的描述。申请高新技术企业的8个条件，在具体内容上都有了很大的变化，比如，新政策是必须满足注册成立一年以上；相比旧版规则，可以说放宽了很大的范围，更有利于企业申报；就政策中近三年内通过自主研发、受让、受赠、并购等方式，或通过5年以上的独占许可方式，对其主要产品(服务)的核心技术拥有自主知识产权，新政策只规定了企业通过自主研发、受让、受赠、并购等方式，获得对其主要产品(服务)在技术上发挥核心支持作用的知识产权的所有权，没有了年限的制约；科技占比人员方面，就政策中具有大学专科以上学历的科技人员占企业当年职工总数的30%以上，其中研发人员占企业当年职工总数的10%以上，新政策的要求则是企业从事研发和相关技术创新活动的科技人员占企业当年职工总数的比例不低于10%；旧政策中规定最近一年销售收入小于5,000万元的企业，比例不低于6%；而在新政中，最近一年销售收入小于5,000万元的企业，科研费用占比变成了不小于5%，降低了一个百分点，对中小型企业的申报起到了有利的作用。
企业获得高新技术企业资格后，自高新技术企业证书注明的发证时间所在年度起申报享受税收优惠，并按规定向主管税务机关办理备案手续。
企业的高新技术企业资格期满当年，在通过重新认定前，其企业所得税暂按15%的税率预缴，在年底前仍未取得高新技术企业资格的，应按规定补缴相应期间的税款。
对取得高新技术企业资格且享受税收优惠的高新技术企业，税务部门如在日常管理过程中发现其在高新技术企业认定过程中或享受优惠期间不符合《认定办法》第十一条规定的认定条件的，应提请认定机构复核。复核后确认不符合认定条件的，由认定机构取消其高新技术企业资格，并通知税务机关追缴其证书有效期内自不符合认定条件年度起已享受的税收优惠。
企业在获得高新技术企业资格后，不需经过税务机关审批，按照国家税务总局公告2015年第76号的要求备案，即企业享受高新技术企业优惠政策，采用的是“预缴享受年度备案”方式。
享受税收优惠的高新技术企业，每年汇算清缴时应按照《国家税务总局关于发布〈企业所得税优惠政策事项办理办法〉的公告》（国家税务总局公告2015年第76号）规定向税务机关提交企业所得税优惠事项备案表、高新技术企业资格证书履行备案手续，同时妥善保管好高新技术企业资格证书、高新技术企业认定资料、知识产权相关材料、年度主要产品(服务)发挥核心支持作用的技术属于《国家重点支持的高新技术领域》规定范围的说明，高新技术产品（服务）及对应收入资料、年度职工和科技人员情况证明材料、当年和前两个会计年度研发费用总额及占同期销售收入比例、研发费用管理资料以及研发费用辅助账，研发费用结构明细表等资料备查。
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