一、佛号不同
药师，梵名 Bhais!ajyaguru；
药王，梵名 Bhais!ajya-ra^ja；
从梵名可以看的出二者是不一样的。
二、生日不同，不是同一代佛菩萨
药师佛的圣诞是农历九月三十；药王菩萨的圣诞是农历四月廿八。
并且他们所处的年代也不相同：据经典记载，至少隔了八大劫。药师佛住世时还是正法时期；而药王菩萨就已经是像法时期了。
三、所处世界不同，境界也不一样
药师佛位于东方净琉璃世界，是东方世界的教主，已经成佛；
药王菩萨位于西方净土世界，为阿弥陀佛二十五菩萨之一，世尊说其将于未来世成佛，号净眼如来。
四、职能不同
药师佛与药王菩萨都能治疗人的生理疾病与心理疾病（如：贪嗔痴）。
但药师佛还能：消灾延寿；助孕妇生产，所得的孩子或财宝多饶，或形相端严，或聪明智慧，或勇健威猛；还能令一切好的愿望悉皆圆满。其广大愿力，不可一一具说。
拓展资料
药师佛，全称药师琉璃光如来，又译为药师琉璃光王如来，简称药师如来、琉璃光佛、消灾延寿药师佛，为东方净琉璃世界之教主。药师，比喻能治众生贪、瞋、痴的医师；以琉璃为名，乃取琉璃之光明透彻以喻国土清静无染。
药王菩萨，与药上菩萨，有时取代文殊、普贤菩萨，被作为佛陀的左右胁侍。药王、药上本为兄弟，兄名星宿光，弟名电光明。因供养比丘僧众，并施药救人，得众人赞赏，被尊称为药王和药上。后兄弟施医行善，双双修成菩萨。佛陀曾对弥勒预言，这两兄弟将在未来世成佛，号净眼如来和净藏如来。
参考资料药师琉璃光如来——百度百科
药王菩萨——百度百科
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