写在前面
很多时候,我们做完转录组,会想着看看样品与样品之间的表达相关性如何?依此,可以看看是否存在异常样品,也或许可以找到一些生物学相关问题。常常,我会使用 R 语言的 Corr 函数,然后用 pheatmap 出个图。当然,这个两行命令就解决了。但是呢 pheatmap 出的热图调整起来还是麻烦。为了偷懒,我决定花点时间,在 TBtools 中直接写一个。因为这个功能比较简单,其实就是读取表达量矩阵,计算样品间相关系数,用系数矩阵绘制热图。
Expression Corr Calc
感觉就是十来分钟的事情,真的太简单。打界面麻烦了点,不过我也有些好的组件,所以,其实也简单。结果如下,
从界面来看,使用更简单,只需要给一个基因表达量矩阵即可。
点击 Start 之后,可以看到输出的 相关系数矩阵。
方便起见,同步输出 Heatmap,如下
接下来就是按照热图常见操作,做个微调,得到图稿如下
看起来不错,当然其实就是调用 TBtools 的 Heatmap,所以你可以做各种各样的微调.....
写在最后
Emmm,又是一个简单的小工具。事实上,我很久以前也有想过写这个,但是呢....用不上。这次写的原因简单,我觉得原有的方式出来的热图,不是我要的效果,因为不够好看。
但是,TBtools 出的热图,好看!而且,细节容易调整。
网友评论