异常的火山图上下的点挤成了一条线
观察数据发现，原来正常出图的数据中，padj最小时0.00452（占<0.01%），最大是0.9982（占<0.1%）。这次的数据中，padj最小是0.00029（占=17%），最大是1（占=72.5%）。
由于q<0.05有意义，所以删除了q=1的数据，出来的图如下：
“平底”消失了，“平头”还在。由于q值小代表越显著，所以没有删除数据，让师姐问问公司给的数据是不是有问题了。
公司认为数据没有问题，用DESeq2处理过后的数据，试再做图，用TCGAbiolinks包如下
用ggplot2作图即使y轴拉到200，还是有部分平顶，100到200这里是断层的。
用截断坐标轴到125的方法，以为能截掉不要的部分，但发现并非如此
p3<-p2+labs(y="-log10FDR")+scale_y_continuous(limits = c(0, 120))+scale_x_continuous(limits = c(-15,15))
异常的火山图上下的点挤成了一条线 观察数据发现，原来正常出图的数据中，padj最小时0.00452（占<0.01%...
又是火山图： 火山图。。。。。真的很多了ggplot做火山图---添加任意基因标签|||突出显示标记基因[http...
2022-05-06
火山图又双叒叕来了，之前做的火山图已经很精美了。 1、绝美！差异基因火山图大全！[http://mp.weixin...
火山图 library(ggplot2) 4. 画图 r03 = ggplot(data,aes(log2FC,-...
画第一张图 画第二张图
在分析RNAseq和microarray数据的差异基因的时候，常常用到火山图，需要的数据是包含Fold chang...
标准的火山图常用于展示显著差异表达的基因，这里有两个关键词：显著是指P<0.05，差异表达一般我们按照Fold C...
参考这篇：R数据可视化1: 火山图
volcano plot 火山图 火山图（Volcano Plot）是做RNA-Seq分析的时候特别常用的一张图，...
本文标题：2022-05-06 “平头”“平底”火山图解决
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