标准的火山图常用于展示显著差异表达的基因，这里有两个关键词：显著是指P<0.05，差异表达一般我们按照Fold Change(倍数变化)>=2.0作为标准。
image.png
我们就把虚线Y=1.30以上，X=1右侧和X=-1左侧的基因标记为表达显著差异的基因，一般我们把大于2倍（X=1右侧）的点标记为红色，把小于-2（X=-1左侧）的点标记为绿色，一些我们特别关注的基因需要把基因名标记出来。
画火山图首先要拿到基因表达的P值（Pvalue)和倍数(Fold Change)，再对倍数进行㏒2转化作为横坐标，p值作为纵坐标，即可画出火山图。
基因表达矩阵：行代表一个基因在不同环境条件下或不同时间点的表达，列代表不同条件或样本下(如组织、实验条件、处理因素等)所有基因的表达情况，每个格子的数据表示特定的基因在特定的样本中的表达水平。
| 高温 | 低温 | 常温 | |
|---|---|---|---|
| 基因a | |||
| 基因b | |||
| 基因c |
又是火山图： 火山图。。。。。真的很多了ggplot做火山图---添加任意基因标签|||突出显示标记基因[http...
火山图又双叒叕来了，之前做的火山图已经很精美了。 1、绝美！差异基因火山图大全！[http://mp.weixin...
火山图 library(ggplot2) 4. 画图 r03 = ggplot(data,aes(log2FC,-...
画第一张图 画第二张图
在分析RNAseq和microarray数据的差异基因的时候，常常用到火山图，需要的数据是包含Fold chang...
标准的火山图常用于展示显著差异表达的基因，这里有两个关键词：显著是指P<0.05，差异表达一般我们按照Fold C...
参考这篇：R数据可视化1: 火山图
volcano plot 火山图 火山图（Volcano Plot）是做RNA-Seq分析的时候特别常用的一张图，...
关于火山图，绘制的教程有很多也有不少专门绘制火山图的包，说到底火山图无非就是散点图的变形，本节来介绍如何通过ggp...
关于火山图，绘制的教程有很多也有不少专门绘制火山图的包，说到底火山图无非就是散点图的变形，本节来介绍如何通过ggp...
本文标题：火山图
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/utygwqtx.html
网友评论