2022-04-21fa文件和gff文件提取cds序列并翻译成蛋

作者: AsuraPrince | 来源:发表于2022-04-21 16:43 被阅读0次

技巧 | 从 GFF 文件提取 CDS 并翻译成蛋白
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cat *.fa >hg19.fa

#根据hg19.fa提取CDS序列

gffread gencode.v19.annotation.gff3 -g hg19.fa -y tr_cds.fa

#翻译后蛋白序列

gffread gencode.v19.annotation.gff3 -g hg19.fa -x cds.fa

#获得外显子序列

gffread gencode.v19.annotation.gff3 -g hg19.fa -w exons.fa

#格式转换

gffread gencode.v19.annotation.gff3 -T -o gencode.v19.gtf

gffread merged.gtf -o- > merged.gff3

用于记录

详见其他人简书：

https://www.jianshu.com/p/c3f723c895fe

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