写在前面
前述介绍了如何在「Windows」下安装 WSL2+Docker。类似的操作，可以更为简单的在 MacOS 或者 Linux 下实现。一切目的，我们要的就是「使用 Docker 进行便捷的生物信息学数据分析」。
本文将会介绍几个docker常用命令。
镜像搜索
当我们知道自己需要什么软件，如 emboss 套装，或者是 Blast+ 套装，那么无论在什么操作系统下，只需要运行
docker search emboss
更全面可靠的方式是直接到网页搜索
https://hub.docker.com/search?type=image
搜索 emboss 相关镜像
点击 TAG，查看有哪些可用版本
镜像下载
确定好要下载的镜像，我们就可以直接下载镜像
docker pull biocontainers/emboss:v6.6.0dfsg-7b1-deb_cv1
注意到，下述类似的常用pull命令可能失效，因为有一些镜像，并无默认的 latest 标签
docker pull biocontainers/emboss
回车后开始安装
安装完成如下
查看目前已有镜像
docker image list
使用镜像
docker run biocontainers/emboss:v6.6.0dfsg-7b1-deb_cv1 needle -h
注意到，其中needle -h，即我们要使用镜像中实际程序的命令。
准备输入数据
注意到，这些文件放置在
C:\Users\CJ\Desktop\园艺植物生物信息学实践\课件\第二周
请按自己的需要调整路径
直接执行模式
对于绝大多数程序，可以直接执行后退出，故可用
docker run -v C:\Users\CJ\Desktop\园艺植物生物信息学实践\课件\第二周:/scauclass -w /scauclass biocontainers/emboss:v6.6.0dfsg-7b1-deb_cv1 needle -asequence AtARF5.fa -bsequence AtARF19.fa -outfile abc.txt -gapopen 10 -gapextend 0.5
注意到，其中-v参数用于映射路径，理解为将当前操作系统的目录C:\Users\CJ\Desktop\园艺植物生物信息学实践\课件\第二周映射到 docker 镜像中的目录/scauclass。而-w目录即docker镜像中调用程序的工作目录，本例中在/scauclass中执行。
交互执行模式
对于一些工作需求，或者一些程序要求，只能在交互模式下使用，那么注意添加-it参数。
docker run -v C:\Users\CJ\Desktop\园艺植物生物信息学实践\课件\第二周:/scauclass -w /scauclass -it biocontainers/emboss:v6.6.0dfsg-7b1-deb_cv1 needle -asequence AtARF5.fa -bsequence AtARF19.fa
无论是使用哪种模式，都可以得到结果文件。
写在最后
Emmm，比较简单。docker 本身是打包各类。感兴趣的朋友建议做相关链接。当然也可以自行构建镜像。事实上，我主要是做网站搭建时使用docker。不过现在docker能做的事情太多了。
此外，对于一些计算集群，可能要使用 singularity 容器。逻辑上，所有 docker 镜像，都可以转换成 singularity 镜像，从而直接在集群上使用。简单来说... 只要掌握 docker 使用，就可以直接应用到其他任何平台，windows、Linux、Mac。
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