目前大部分lncRNA相关的数据库都是依赖高通量测序,而今天我们介绍的这个数据库以实验验证为基础,收集2016年5月1日前的所有lncRNA实验数据,并整合了lncRNAdb, LncRANDisease, Lnc2Cancer 和 PLNIncRBase 三个lncRNA数据库的结果,当前版本包含来自77个物种的1543个lncRNAs,是目前为止最全面的有实验结果支持的lncRNA数据库,EVLncRNAs(http://biophy.dzu.edu.cn/EVLncRNAs/)。
首先我们进入主界面,数据库支持从lncRNA检索和功能两个方面检索,其中功能又分为疾病,lncRNA相互作用以及编码蛋白质能力。该数据库又将两个经典lncRNA(XIst和MALAT1)单独列出。以下我们按照每个检索方式进行解释。
image一. 按照lncRNA检索
无论按照哪种方式进入都可以进入classification的界面,如果按照lncRNA方式检索,在species处选择物种,以Human-lncRNA CPS1-IT1为例,主要分为3部分信息:lncRNA****基本信息,在哪些疾病中有研究以及和哪些基因存在相互作用。
image二.按照疾病检索
分为肿瘤和其他类型疾病,以结肠癌为例,点击进入后可以看到全部结肠癌中经过实验证实相关的lncRNA,包括实验方法,样本类型,lncRNA表达情况以及相关文献。
image三.按照编码蛋白检索
目前数据库中仅收录了很少能够翻译成肽段的lncRNA,其中人类只有3个lncRNA(MRLN,DWORF和APELA)。 image尽管数据库中涉及的lncRNA并没有很多,但是能够以实验为支持,能够为同学们提供一些信息。
写在最后
以上就是这个数据的基本内容了。由于是基于实验来构建的数据库。所以可能一些新的lncRNA的功能什么的还是需要预测的。所以如果是可以通过这个数据库来看自己的目标lncRNA老不老。要是老的话,那这个数据库也就肯定包括了。
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