LncRNA数据库

作者: dming1024 | 来源:发表于2019-05-25 14:37 被阅读4次

LNCipedia数据库
https://lncipedia.org/ 只是人的lncRNA综合数据库

starBase数据库
http://starbase.sysu.edu.cn/
目前我认为是最综合的数据库,包括人,鼠的RNA,miRNA,lncRNA,circRNA的综合数据库,其中的miRNA靶基因均是经试验验证过的,不同于targetScan

targetScan数据库
http://www.targetscan.org/vert_72/
对miRNA靶基因进行预测的数据库,还有一个是miRWalk,

miTarBase数据库
http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php
对miRNA靶基因进行预测的数据库

TANRIC数据库
https://ibl.mdanderson.org/tanric/_design/basic/index.html
是lncRNA研究的利器,是癌症非编码RNA的地图集,包括20种癌症,超过8000个样品(用户体验不太好,可能是由于自己网速太差了的原因)。

LncRNAdb数据库
http://www.lncrnadb.org/
包含了有关RNA的参考信息,包括序列、结构信息、基因组背景、表达、亚细胞定位、保守性、功能证据和其他相关信息

GENCODE数据库
https://www.gencodegenes.org/
主要是注释信息gtf文件,包括人和小鼠的转录本
参考文章:
https://cloud.tencent.com/developer/news/386861
http://www.360doc.com/content/18/0515/20/50540690_754224549.shtml

相关文章

网友评论

    本文标题:LncRNA数据库

    本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/rrgazqtx.html