位于华盛顿的美国武装部队病理研究所软组织病理研究部的MD Markku Miettinen与MD Jerzy Lasota在2006年发表了新的风险度分级标准。GIST可以在消化道任何部位发生，在远端食管到肛门都有病理报道。这项研究特别强调了，基于不同肿瘤发生部位可能存在生物学行为的差异。
通过对远期随访发生复发概率的阈值界定，作者区分了低中高三个等级分别对应复发概率为，<10%, 10~30%,>30%。对整体病理分为6组8分类。
小于2cm的肿瘤，如核分裂象小于5个则任何部位都没有出现远期随访的复发情况。但，在小肠、直肠GIST，即使肿瘤小于2cm肿瘤如果大于5个核分裂象，就有半数以上发生转移。
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文章中描述了胃肠外间质瘤EGISTs，作者对这类EGIST的诊断持保守态度。并明确描述真正的EGIST需要经过基因检测的确认，网膜GIST与胃相似，而肠系膜GIST与小肠相似。儿童GIST多发生于女孩，部位以胃为主。但因为通常不具备KIT或PDGFRA突变，所以其发病机理与成年人不同。而NF1（神经纤维瘤病）患者的GIST，肿瘤常起源与小肠或十二指肠。
文章列举了其他征象并描述了其预后价值，其中有不良预后的有：1. 腹腔结节，脂肪浸润，2. 凝固性坏死，3. 黏膜侵袭；与良好的预后有关的有：1. 肌肉侵犯，2. 丝团样纤维（小肠，skeinoid fibers），3.核栅栏（胃肠都可有，Nuclear palisades）
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因为实验数据的不稳定，Ki-67的价值没有获得支持，而细胞周期蛋白（A，B1，D1，E）似乎在预测预后方面优于Ki67。P53可能有一定的价值，小于25%阳性与良性特征有关。其他p16， Bcl-2，CD44等也都尚未确立其价值。
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