利用Juicer v2.0挂载染色体

最近在搞基因组，前面contig的组装难度不大，用wtdbg2、raven、mecat2、flye等组装就可以了。

组装完毕后，contig挂载成染色体，可以采用高密度遗传连锁图、bionano光学图谱等进行挂载，但是现在大多数文章采用的是HI-C数据进行挂载。

目前最经典的HI-C挂载流程应当是juicer-3D DNA-Juicerbox流程了。其中3D-DNA和juicerbox没啥好说的，juicer中间有点坑，最近搞了几天时间。

整个历程大体可以参考该文章 利用3D-DNA挂载基因组。但是由于Juicer更新一下，引入了一些bug，所以需要做一些修改。

我的机器的ubuntu的系统，单机160核心。通过git clone而得到的juicer是2.0版本，采用的/CPU文件夹下的脚本，但是Juicer2.0中CPU下的文件目录不对，以及脚本本身有点小问题，导致运行出错，需要做几个修改：

1 juicer/cpu文件夹下新建scripts文件

mkdir scripts

2 将common文件夹整体复制到scripts下

cp /juicer/CPU/common /juicer/CPU/scripts/

3 下载Juicer_tools.jar 文件，并放入  /juicer/CPU/scripts/文件夹下

cd /juicer/CPU/scripts/

wget https://github.com/aidenlab/Juicebox/releases/download/v.2.13.07/juicer_tools.jar 

这是个很神奇的设定，juicer软件，无论你是git clone还是直接下载包，里面都是不包含最重要的juicer_tools.jar的，不明白作者的脑洞在哪里。

/gpfs03/home/jingjing/software/juicer-master/scripts/juicer.sh -t 30 -g RT -z reference/genome.fa -y restriction_sites/genome_DpnII.txt -p restriction_sites/genome.chrom.sizes -d /xxxxx/xxxxx -D /gpfs03/home/jingjing/software/juicer-master/CPU -s DpnII --assembly

主意 -D参数 指定工作文件夹 用tab补齐最后一定会有/ 也就是 /juicer-master/CPU/ 这是不行的，不能有斜杠，运行会出错。

-d /xxxxx/xxxxx    也是一样 不能有斜杠。