bedtools (https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/index.html) 作为基因组数据处理的利器，适用于处理BED,BEDPE,GFF,GENOME,SAM/BAM及VCF类型数据，犹他大学昆兰实验室将其分成了不同的套件，以针对不同的需求。同时，灵活地组合使用这些套件，又可以完成一系列的高级需求。
常用：对bed文件排序的时候总是报错，可切换不同的sort方法
sortBed -i input.bed
bedtools sort -i input.bed
sort -k 1,1 -k2,2n input.bed
sort -V -k 1,3 input.bed
因为组件非常丰富，经常使用，特列笔记在此：
| suite | 描述 |
|---|---|
| annotate | 注释多个文件的覆盖特征 |
| bamtobed | 将bam文件转换为BED格式 |
| bamtofastq | 将bam文件转换为FASTQ格式 |
| bed12tobed6 | 将BED12间隔转换为BED6间隔 |
| bedpetobam | 将BEDPE间隔转化为BAM格式 |
| bedtobam | 将间隔转换为BAM记录 |
| closest | 寻找最近的潜在的非重叠区间 |
| cluster | 聚类（不合并）重叠的区间 |
| complement | 获得区间的补集 |
| coverge | 计算特定区间的覆盖 |
| expand | 根据列值重复行数 |
| flank | 从当前区间侧翼创建新的区间 |
| genomecov | 从整个基因组计算覆盖深度 |
| getfasta | 根据区间从FASTA文件中提取序列 |
| groupby | 按特征列进行分组 |
| igv | 创建一个IGV快照批处理脚本 |
| intersect | 用各种不同的方式寻找重叠区域 |
| jaccard | 计算b/w两个间隔区域的Jaccard统计量 |
| links | 创建一个连接UCSC位点的HTML页面 |
| makewindows | 创建基因组区间窗口 |
| map | 为每个重叠区间队列应用一个函数 |
| maskfasta | 利用区间隐藏FASTA文件序列 |
| merge | 合并重叠区间形成一个新的区间 |
| multicov | 计算多个BAM文件在特定区间的覆盖深度 |
| multiinter | 标记多个区间文件的公共区间 |
| nuc | 分析FASTA文件某区间的核酸含量 |
| overlap | 计算两个区间重叠范围的长度 |
| pairtobed | 找出以各种方式重叠区间的对 |
| pairtopair | 找出以各种方式重叠其他配对的配对 |
| random | 产生一个基因组的随机区间 |
| reldist | 计算两个文件的相对距离分布 |
| shift | 调整区间的位置 |
| shuffle | 在基因组中随机重新分配时间间隔 |
| slop | 调整区间的大小 |
| sort | 对区间进行排序 |
| subtract | 对两个区间文件取差集 |
| tag | 根据区间的重叠区域标记BAM Tag |
| unionbedg | 根据多个BEDGRAPH文件合并覆盖区间 |
| window | 在一个间隔周围的窗口寻找重叠区间 |
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