二代测序（Next generation sequencing）

1. 定义

二代测序也被成为高通量测序指的是现代不同的测序技术，不同于之前的Sanger测序，它的速度更快，价格也更为便宜，主要有以下几个平台：
－　Illumina (Solexa) sequencing
－　Roche 454 sequencing
－　Ion torrent: Proton / PGM sequencing
－　SOLiD sequencing

2. 原理

此处主要介绍Illumina 平台的工作原理。
从本质上而言，二代测序（NGS）和Sanger测序相同，都是在每一个测序周期中，利用计算机检测DNA聚合酶催化荧光标记的dNTP结合到DNA模板时产生的荧光信号。但与Sanger单位时间检测单片段不同的是，NGS能同时检测成千上万的孔道的信号，因此大大提高了效率。

3 工作流程

Illumina工作过程可以分为以下四步：

1. 文库准备：提取的DNA和cDNA通过物理或其他方法随机切割成相同大小的片段，并在5'和3'添加接头(adapter)。该接头主要用于提高PCR效率，在测序时提供barcode/index。
2. 生成簇：通过桥式PCR，单片段序列被大量扩增成簇
3. 测序：每个片段基于SBS(边合成边测序)原理，由计算机读取read。
4. 数据比对和分析
   Youtube上有具体过程，需翻墙。
   流程图.jpg

一些疑问

paired-end vs single-end sequencing

• 单端测序只会读取测序片段的一侧生成单个文件。双端测序在读取一端序列后，会合成互补链并读取互补链的一侧，生成2个文件。
• 双端测序可以在后续数据分析时可以发现可变剪切。

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