1.利用phylosuite软件根据NCBI号提取genbank格式的序列文件
file--input file...or ID(s) ---在input by IDs 处粘贴NCBI号--start
提取
2.根据GB文件提取叶绿体基因组中的基因
file -- Extract G...Bank file--选择choroplast--start
提取
结果会出现一些比如gene1和gene1_copy2等，需要手动删除，最后因该是79个PCGs基因。
3.mafft比对
Algnment--选择Codon和PCGs--11套密码子表--start
比对
4.利用trimal裁剪一下
Alignment---trimAL--start
序列修剪
5.串连序列
Alignment--concatenate Sequence--satart
串联
串联序列
完成之后随便打开一个结果看一看串连的结果.
6.选择模型
Phylogeny--PartitionFinder--command line options(如果要用raxml方法的话)--raxml--greedy（快）--start
模型选择
7.利用iqtree构建Ml树
iqtree
8.利用figtree查看tree文件
结果
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