由于自己的笔记本配置有点感人，在X宝淘了个二手的服务器作为入门生信使用，配置为8核16线程64g内存6T存储。

系统安装

系统选择了对于我这种刚接触Linux的小白比较友好的Ubuntu系统，选择稳定版本Ubuntu16.04LTS，选择中科大镜像站下载（http://mirrors.ustc.edu.cn/ubuntu-releases/16.04/ubuntu-16.04.3-desktop-amd64.iso）。使用UltraISO刻录U盘安装（最好使用最新版本的软碟通，之前用旧版本的读取镜像的时候出错了，没有刻录完整，安装了一半就挂了。）安装的过程中需要把网线拔了，否则，到了选择时区的步骤时会自动弹出，跳至U盘的Ubuntu系统。

软件的更新以及开启ssh端口

在图形界面选择系统设置-软件和更新-选择下载服务器更新源和软件
开启ssh端口需要安装openssh-server（我也不知道ubuntu16.4有没有自带，安了总没错）

sudo apt-get install openssh-server 

使用ifconfig -a查看ip地址
之后就可以使用账号密码和ip地址，通过Xshell或者PuTTY在Windows系统上登陆服务器，服务器的显示屏就被我开心的拿来做扩展屏幕啦😁。

安装必须的库

在命令行中输入下列命令安装必须的库和软件

sudo apt-get install -y curl unzip build-essential ncurses-dev
sudo apt-get install -y byacc zlib1g-dev python-dev git cmake
sudo apt-get install -y default-jdk ant

对命令行进行设置

使用下列命令完成对命令行的设定

curl http://data.biostarhandbook.com/install/bash_profile.txt >> ~/.bash_profile
curl http://data.biostarhandbook.com/install/bashrc.txt >> ~/.bashrc

emmmm，下载 不了。。。连接老出错，大概是姿势不对，再来

wget http://data.biostarhandbook.com/install/bash_profile.txt
wget http://data.biostarhandbook.com/install/bashrc.txt

emmmm，还是不行。。。
手机试着连接了一下，emmmm，下好了？？？大概我们学校的网络有毒吧。。。
将手机上下载的两个文件传到服务器中，使用下列命令完成设置

less bash_profile.txt >> ~/.bash_profile
less bashrc.txt >> ~/.bashrc

查看~/.bashrc文件

vi ~/.bashrc

.bashrc文件末尾

在文件的末尾加上了好多东西，小白表示完全没看懂=-=
配置一下完成设置

source ~/.bashr_profile

conda的配置安装

按照Biostar_Handbook推荐，安装体积较小的miniconda作为使用的 conda。

curl -O https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

最后输入source ~/.bashrc就可以完成安装啦
有的同学安装完成后输入conda输出的不是conda的说明，而是conda：command not found。这是没有将conda的路径添加到环境变量中去，需要手动输入如下命令完成conda的安装

echo 'export PATH="/path/to/conda/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

添加叫做bioinfo的conda环境

conda create -y --name bioinfo python=3

激活bioinfo环境

source activate bioinfo

可以通过conda info --envs查看存在的环境
添加几个bioconda的channel

conda config --add channels r
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda

由于源都在国外下载速度比较慢，可以添加国内的源来加快速度

conda config --add channels http://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --set show_channel_urls yes

Biostar_Handbook所用到的软件的安装

使用conda进行安装，输入下面的命令完成软件的安装

curl http://data.biostarhandbook.com/install/conda.txt | xargs conda install -y

emmmm，依然连接不上。。。继续手机下载吧。

less conda.txt | xargs conda install -y

一下要安装好多软件

conda.txt软件列表

由于bioconda的源在国外，国内的清华源最近又有问题，下载速度极慢，经常会报错，就一直在重复这个步骤，一直到了不再报错。大部分的生物信息学软件都可以通过conda安装，部分无法使用conda安装的软件都可以通过软件的官网找到他们的安装方法。
今天早上发现清华的bioconda镜像源可以用了，赶紧加上安了软件

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

速度无与伦比，体验飞一般的感觉！~

用doctor.py检测安装情况

用doctor.py来看看配置的情况

mkdir -p ~/bin
curl http://data.biostarhandbook.com/install/doctor.py > ~/bin/doctor.py
chmod +x ~/bin/doctor.py

运行doctor.py查看配置情况

~/bin/doctor.py

然而

折腾了很久还是这种情况，也不知道是哪里出错了=-=
改为使用python来运行doctor.py发现就可以运行了

python ~/bin/doctor.py

但是好像和Biostar_Handbook上面的有点不太一样，多了三行。。。但是也说我完成了=-=
还没没弄懂我是完成了还是没完成。。。
额外有一块已经分好区了的旧硬盘里面有好多数据，每次开机都需要重新挂载很麻烦，设定为开机挂载，修改/etc/fstab

#手动挂载，重启后会丢失挂载
sudo mount /dev/sdb1  /home/kevin/DATA/DATA1/
sudo mount /dev/sdb2  /home/kevin/DATA/DATA1/
sudo mount /dev/sdb3  /home/kevin/DATA/DATA1/
#设置开机自动挂载
/dev/sdb1  /home/kevin/DATA/DATA1/ ext4 defaults 0 0
/dev/sdb2  /home/kevin/DATA/DATA2/ ext4 defaults 0 0
/dev/sdb3  /home/kevin/DATA/DATA3/ ext4 defaults 0 0

重启电脑以后就发现直接就挂载了
安装R语言和Rstudio
根据度娘的结果参考16.04 LTS 安装R及RStudio Server
1.R的安装

1.1首先添加镜像源

Ctrl+Alt+T打开终端

$ sudo gedit /etc/apt/sources.list

加入新镜像源 回车之后会自动跳出一个文本框，然后在相似的地方输入

deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu trusty/
加载镜像源还可以使用以下方法：

deb https://<my.favorite.cran.mirror>/bin/linux/ubuntu xenial/
deb https://<my.favorite.cran.mirror>/bin/linux/ubuntu wily/
deb https://<my.favorite.cran.mirror>/bin/linux/ubuntu trusty/
deb https://<my.favorite.cran.mirror>/bin/linux/ubuntu precise/
or in your /etc/apt/sources.list file, replacing by the actual URL of your favorite CRAN mirror. See
https://cran.r-project.org/mirrors.html for the list of CRAN mirrors.
修改后保存并退出（File→quit）
1.2 运行命令下载公钥

下载公钥

$ sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 51716619E084DAB9

然后更新一下

$ sudo apt-get update
1.3 安装R

$ sudo apt-get install r-base
然后验证是否安装成功：在终端输入R，出现R的信息则安装成功。
一些可用的包存储在CRAN的Ubuntu仓库中，包括：

<pre> r-cran-

boot
r

-cran-

class

r

-cran-

cluster
r

-cran-

codetools
r

-cran-

foreign
r

-cran-

kernsmooth
r

-cran-

lattice
r

-cran-

mass
r

-cran-

matrix
r

-cran-

mgcv
r

-cran-

nlme
r

-cran-

nnet
r

-cran-

rpart
r

-cran-

spatial
r

-cran-

survival
r

-cran-rodbc </pre>

要更新以上的包，可以使用下面的命令（替换掉foo）：

<pre>$ sudo apt-

get

build-dep r-cran-foo</pre>

R包的安装：

<pre>

安装包

install.packages()

更新包

update.packages(lib.loc =

"

/usr/local/lib/R/site-library

"

)</pre>

2. 安装Rstudio

2.1 安装

首先，去下载对应自己系统的安装文件: http://www.rstudio.com/products/rstudio/download/，然后执行一下步骤。

<pre>$ sudo apt-

get

install gdebi-

core
$ wget https:

//

download2.rstudio.org/rstudio-server-0.99.902-amd64.deb

$ sudo gdebi rstudio-server-

0.99

.

902

-amd64.deb</pre>

2.2 启动Rstudio server

在浏览器中输入地址和端口，如：

<pre>[http:

//

192.168.43.129:8787

http:

//

localhost:8787](http://192.168.43.129:8787http//localhost:8787) </pre>

然后会出现要求输入用户名和密码，这跟登录Ubuntu时候使用的用户和密码相同
2.3在Rstudio server里安装ggplot2

安装ggplot2包之前需要先安装其它的依赖包：' plyr ' , ' digest ' , ' gtable ' , ' reshape2 ' , ' scales ' , ' proto ' , 在Rstudio的命令窗口分别执行以下命令：

install.packages('plyr')
install.packages('digest')
install.packages('gtable')
install.packages('reshape2')
install.packages('scales')
install.packages('proto')
然后，安装ggplot2包：

install.packages('ggplot2')

Oracle JDK 安装：

由于mysql在使用OpenJDK时会出现错误，需要安装Oracle JDK

设置 PPA

 sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/java
 sudo apt-get update 

JDK6 ：

 sudo apt-get install oracle-java6-installer

JDK 7：

  sudo apt-get install oracle-java7-installer

JDK 8

sudo apt-get install oracle-java8-installer