生信小组DAY3--如晤

今日学习主题：学会在linux中安装软件——用linux的软件商店conda
参考生信小白第3天-linux的App Store

安装miniconda

1. 谷歌搜索“miniconda 清华”进入下载页面
2. linux下面有64-bit（x86_64）、32-bit(x86)两种版本
3. 登录服务器，查看服务器位数：命令uname -a
4. 选择最新版本安装，复制下载链接
5. 在服务器进入已经建好的biosoft目录
6. wget 粘贴上一步复制的下载链接
   等待下载ing……
   下载了好久就没动静了，无奈采用了planB——拷贝安装包

7. 安装-------

   
   安装成功
8. 激活------
   source ~/.bashrc
9. 添加镜像网站
   复制下面代码到命令行，回车
   conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config --set show_channel_urls yes

正式使用conda

conda list查看conda里的所有软件列表
conda search fastqc搜索软件(以数据质控软件fastqc为例)
conda install fastqc -y 安装软件 (加上-y指自动安装)
conda remove fastqc -y卸载软件

• conda 环境
  conda info --envs查看当前conda环境
  带*的就是默认的conda环境
  “建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic”这一步安装失败，再然后继续输入没反应了。。。。