fasta格式转换

作者: kkkkkkang | 来源:发表于2020-09-28 08:28 被阅读0次

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fasta 和\t 互相转换

#1. fasta 转\t

awk '$0 ~/>/ {print $0}' file.fa >name.txt

awk '$0 ! ~/>/ {print $0}' file.fa >seq.txt

paste name.txt seq.txt >file_tab.txt

#2. \t 转 fasta

awk '{print $1"\n"$2}' file_tab.txt >file_fa.fa

#或者

awk 'BEGIN{OFS="\n"} {print $1,$2}' file_tab.txt >file_fa.fa

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将gbk格式文件转换成fasta格式文件将多个fasta序列中提取含有'Homo sapiens'的序列请关注...
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利用Python将GB格式序列文件转换成 Fasta格式文件
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NGS常用文件格式详解
NGS文件格式 FASTQ FASTA SAM格式 FLAG标识 BAM格式
文件格式——FASTA
FASTA文件的格式在生物信息学中，FASTA格式（又称为Pearson格式）是一种基于文本的、用于表示核苷酸序列...