一、homer安装:

1.通过homer主页下载configureHomer.pl文件（网址: http://homer.ucsd.edu/homer/download.html）
2.把这个pl文件放到software/homer文件夹下：
运行命令：
perl /data/zds209/software/homer/configureHomer.pl -install
3.之后进行环境变量设置：在.bashrc文件里面加一句设定export PATH=$PATH:/data/zds209/software/homer/bin/ #homer
再sorce一下.bashrc文件。
4.到homer文件夹下，加载
perl configureHomer.pl -install mm10
perl configureHomer.pl -install hg38

二、建立脚本sh，并运行

project=/data/zds209/ChIP-seqtest
ls $project | if [ ! -d motif ]; then 
                       mkdir -p $project/motif; 
                       fi
ls $project/bed/*.bed | while read id
do
file=$(basename $id) 
sample=${file%%.*} 
findMotifsGenome $id   mm10  $project/motif/$sample/   -size 200 -mask
done
# -mask 使用repeated-mask序列
# -size 设置motif长度

（小插曲：因为之前安装一开始在software下，再挪到homer里，所以报了一个错。Can't locate HomerConfig.pm in @INC (you may need to install the HomerConfig module)
所以先要移除之前安装，之后再homer下安装。
rm -r /data/zds209/software/homer
再新建homer，把pl移入。到homer下重新nstall。这个错误原因我是在https://www.biostars.org/p/423925/ 这个网站里找到，就是纯英文，看了一堆人说这说那，最后一条才是有用的，看着费劲）