【r<-配置|安装】R3.5版本更新事一二

继R发布3.5版本后，Bioconductor发布了它的3.7版本，而3.7版本的bioconductor是基于3.5版本的R。为了使用Bioconductor最新的R包，必须更新R版本和新的bioconductor版本。

这里推荐两个包用于版本更新，installr（只能在Windows下使用）和rvcheck。

更新R版本：

# install.packages("instalr)
require(installr)
update_R()

版本更新以后，使用rvcheck包更新所有的包：

# install.packages("rvcheck")
rvcheck::update_all()

这可以更新你安装过的所有CRAN、Bioconductor与Github包。

需要注意的是，Biocondutor如果需要重新安装的话，要卸载掉原来的

remove.packages("BiocInstaller", lib=.libPaths())

使用library确认该包已经不存在，然后键入

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

你可以使用biocValid()检查哪些包已经过时了。

如果是Linux系统，像我使用Ubuntu，这里推荐Y叔写的一个方法：

将安装包装在特定的目录，比如

~/Library/R/3.4/library

R更新到3.5后，将所有的包移到3.5的位置，比如

~/Library/R/3.5/library

然后键入

update.packages(ask=FALSE, checkBuilt=TRUE)

对过时的包进行更新。

你也可以将之前的包地址存在当前的R，进行调用：

.libPaths(c(.libPaths(), "D:\\Anaconda\\Lib\\R\\library"))

这个可以写到配置文件中永久保存

file.edit("~/.Rprofile")