小麦是世界上最重要的粮食作物之一，随着新一代测序技术的发展，小麦的基因组学发展迅速。本文主要介绍小麦常用的基因组数据库以及基因组数据库下载，方便为从事小麦研究的同学提供一些帮助。

1. 常用的小麦生物学数据库网址

Ensembl Plants，该网址可以说涵盖了大部分植物的生物学数据库，这也包括小麦及其近缘种的数据。以该网址为例，简单介绍一下该数据库以及下载方式。

1. download选项 2.选择ftp 3. 重点关注fasta，gff3和gtf文件，fasta文件是存储基因组文件的，gtf和gff3是基因组注释文件

GFF全称为general feature format，这种格式主要是用来注释基因组，GTF全称为gene transfer format，主要是用来对基因进行注释。关于这两个文件的比较我们会后续分析，主要关注fasta 文件。

可以看到小麦属的几个物种，包括六倍体小麦，四倍体的野生二粒小麦，四倍体的硬粒小麦，以及A基因组供体种乌拉尔图小麦

以六倍体小麦为例，看看基因组是什么。

可以看到有cds、dna、pep等，非常全面，以常用的DNA为例，继续查看 非常重要的文件，readme，这是做数据分析必看的 可以看到，基因组有普通的dna.chromosome，有sm.chromosome，有rm.chromosome等类型，这是需要我们注意的，选择什么类型的数据关乎到我们的实验成败。所有的官方解释都在readme文件。

一般使用如下命令进行下载，有的情况发现直接下载到本地电脑，再上传服务器，速度也很快，希望各位同学在使用的时候，按照情况下载，参考基因组很大，要有耐心。

$ wget ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-46/fasta/triticum_aestivum/dna/Triticum_aestivum.IWGSC.dna.toplevel.fa.gz

这就是下载好的数据，非常常见的fasta格式，以>开头，关键信息，1A，以及长度chr1Ade:594102056。

以上就是以ensemble plant数据为例，下载六倍体小麦的参考基因组数据，我们会在后续的文章中，介绍一下使用参考基因组进行重测序数据、转录组数据分析等内容。