植物老牌注释神器—mapman

昨晚看TBtools作者CJ的简书老激动了，眼下就想做两件事：一是对TBtools使用的梳理和新功能的挖掘，比如多物种共线性可视化什么的。由于我最早就是用TBtools做的GO和KEGG富集（需要输入基因组注释文件，我自己用interpro做的。可以分级画GO富集柱状图，很漂亮）后来用Y叔的clusterprofile包就没怎么用TBtools了（orgdb水稻的富集好像还有点麻烦），anyway找机会把TBtools用好；
二是想试试植物注释特别是通路注释神器mapman，原理大家先去看CJ的文章吧（Mapman-完全上手指南https://www.jianshu.com/p/5317b8a6ccfa）
我就讲讲使用方法

官网https://mapman.gabipd.org/home

step1 安装

官网下载合适的版本windows/mac/linux/jar（我选的是mac，提示需要旧的java6，跟着提示下载安装就行）

首次会自动下载一些官方数据库，应该很耗时，用TBtools作者CJ的话说“开电脑室温过夜”哈哈 由于我的没怎么下完，所以很快 下好了就是这个样子

step2 导入自己的表达矩阵

count或者RPKM，log2FoldChange数值都行，第一列是id，后面每列分别是各个样品的表达量 示例数据展示

step3 下载mapping文件

官网上有很多物种的mapping文件，我把其中水稻的导入到本地（版本很多，注意和自己的矩阵id对应）

step4 cluster data

大致看一下所有样品转录本id和bin（本软件特有定义，类似GO号）的对应关系

step5 查看样品在各个通路的表达情况

有各种通路Hormones,Proteasom等等，随便选一个Biotic Stress试试，每次都要选择合适的mapping数据库 如果出现以下情况，可能是id号不对应 果然 那么就换个对应的数据库导入 这里还是用示例数据展示吧（自己的数据结果还在分析中），选择好通路后，再选择要分析的样品，可以是所有样品count表达矩阵中的某几列（5>=列数>=2）或者是两两分析比较后得到一列FC值，转录本在通路中的分布如下图所示 Biotic Stress 换成cell_functions_overview cell_functions_overview
此外mapman还具有画venn图，显示染色体水平的分布等等功能 chromosome view

这里就不展开啦，大家有兴趣试试吧~欢迎交流