功能富集分析实例

作者: Thinkando | 来源:发表于2018-05-20 14:18 被阅读199次

功能富集分析实例
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基因功能富集方法和基因注释数据库介绍
转录组数据分析—clusterProfiler富集分析
本体论
R语言绘制功能富集泡泡图

DAVID 的使用 http://david.abcc.ncifcrf.gov/

PANTHER 的使用 http://www.pantherdb.org/

可视化展示

1. DAVID

image.png

2. PANTHER

image.png

3. 可视化

3.1 材料准备

genelist.txt

image.png
image.png
image.png
excel 作图

截取10个做图

# term “GO:0006955~immune response” 变为 “immune response”
=MID(A2,12,200)
# PValue 值转换
= -LOG10(F2)

image.png

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几年前，这种下载GEO数据～差异分析～功能分析（GO富集分析、KEGG富集分析、PPI分析）～筛选hub基因～hu...
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R语言绘制功能富集泡泡图
原文链接：http://tecdat.cn/?p=4321 功能富集泡泡图功能富集分析用来展示某一组基因(一般是...