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fastp拼接双末端测序数据

fastp拼接双末端测序数据

作者: 佳名 | 来源:发表于2021-05-18 16:56 被阅读0次

版本:0.20.1
fastp之前的版本不支持拼接,

mkdir -p fastp
mkdir -p SE
ls *1.fastq.gz|while read id;
do
fastp -m -c --overlap_len_require 8 -f 20 -F 23 \
--overlap_diff_percent_limit 40 \
-i ${id%_*}_R1.fastq.gz -I ${id%_*}_R2.fastq.gz \
--merged_out ./SE/${id%_*}.clean.fq.gz \
-j ./fastp/${id%_*}.json -h ./fastp/${id%_*}.html;
done

-m开启merge模式;
-c 校准重叠区域内的碱基;
--overlap_len_require 设置重叠区最小长度;
--overlap_diff_limit 设置重叠区域的最大不匹配碱基数
--overlap_diff_percent_limit 设置重叠区域最大不匹配碱基数百分比
-f, read1 5‘端裁剪的碱基数;
-F, read2 5‘端裁剪的碱基数

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