一、法律法规规定
最高院《关于审理行政协议案件若干问题的规定》第二十五条规定“公民、法人或者其他组织对行政机关不依法履行、未按照约定履行行政协议提起诉讼的，诉讼时效参照民事法律规范确定；对行政机关变更、解除行政协议等行政行为提起诉讼的，起诉期限依照行政诉讼法及其司法解释确定。”
申言之，最高院根据行政协议兼具行政性和合同性的特点，针对行政协议纠纷实质法律关系的不同将其区分为民事性质纠纷和行政性质纠纷。行政协议履行过程产生的纠纷系平等主体之间的民事纠纷，参照民事法律关系适用诉讼时效（和除斥期间）；因行政机关变更、解除行政协议引发的纠纷则针对的是行政机关行使行政优益权作出的具体行政行为，适用行政诉讼起诉期限的规定。
二、笔者观点
笔者认为，最高院对于行政协议争议案件的分类看似笼统，并未涵盖所有行政协议争议类型甚至存在交叉，但究其意图，可以得出明确结论：除了因传统行政诉讼审查对象一样体现单方性、高权性特点的行政行为引发的纠纷，其他所有的行政协议纠纷均应适用民事法律关系中有关诉讼时效的法律规定。判断一个行政协议争议案件是适用诉讼时效还是起诉期限，无需纠结其形式上的诉请内容，只需关注本案所涉纠纷产生是否是因行政行为所致。
举例而言，如行政机关变更行政协议，行政相对人以其未按照约定履行行政协议为由提起诉讼，因纠纷系行政机关实施具体行政行为引发，即使行政相对人诉请要求行政机关继续履行行政协议，也应当适用起诉期限而非片面参照司法解释文本适用诉讼时效规定。
又如对于要求行政协议无效的诉讼，其实质是质疑行政协议的合法性，也应适用起诉期限。
三、案例分析
以笔者代理的某案件为例，A公司以B区城管局未依约履行广告发布合同为由提起诉讼，要求B区城管局赔偿违约损失。本案起因是B区城管局基于社会公共利益变更广告发布合同、禁止A公司发布某一特定类型的商业广告。本案形式上看A公司是以B区城管局未依约履行行政协议为由提起诉讼，但实质上是A公司因B区城管局单方变更协议的行政行为违法而提起行政诉讼。申言之，本案审查的对象是B区城管局行使行政优益权对原行政协议进行变更的具体行政行为，审查的焦点是该具体行政行为的合法性和合理性，对该行为的司法审查应受到法定起诉期限而非诉讼时效的限制。最终笔者的观点得到法院的支持，认定A公司的起诉已超出起诉期限，已丧失进入实体审理的程序权利。
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