1.问题描述:使用monocle的plot_genes_branched_heatmap命令,画出图
但是每一个cluster是哪些基因ID?
2.解决方法:画图命令增加“ return_heatmap = TRUE”。就会在屏幕上输出,每个基因对应的分支号,然后每一支挑一些有代表性的写一下。
3.拓展,在屏幕上复制太麻烦了,并且太多了,怎么办呢?使用“sink”命令,如下:
sink("a.txt")
plot_genes_branched_heatmap(HSMM[branch_gene], branch_point = 1, num_clusters = 6,cores = 8,return_heatmap=TRUE)
dev.off()
sink()
问题解决了!屏幕不会输出之前的信息,而全部储存到a.txt里面!在里面搜“annotation_row”,后面就是基因和cluster的信息!
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