使用python处理生物信息数据（十）

Python学习的第十天，好些天没有学习python了。4月6号下午回武汉了，从汉口火车站下车，车站弥漫着消毒水的味道，有些疫情防控人员全副武装，有些工作人员引导我们扫码入地铁站，安静而肃杀的氛围，从没见过如此安静的武汉，回想过去的两个月武汉真是英雄的城市，进了地铁发现人不多，公交车转乘到住的小区，扫码登记进去了。今天主要学习如何使用类class管理复杂程序。

写一个程序去计算孟德尔的豌豆实验中的表型不一个简单的事情。你需要定义每个豌豆的基因型，基因型对应的变性以及下一代如何产生等事件。尽管包含的科学是琐碎的，但它需要的程序代码却是复杂的。类class是一种编程结构，它有助于描述现实世界中事物的工作方式，并能控制复杂性。

1. 演示和计算孟德尔遗传定律

class Pea:

    def __init__(self, genotype):
        self.genotype = genotype

    def get_phenotype(self):
        if "G" in self.genotype:
            return "yellow"
        else:
            return "green"
    
    def creat_offspring(self, other):        
        offspring = []
        new_genotype = ""
        for haplo1 in self.genotype:
            for haplo2 in other.genotype:
                new_genotype = haplo1 + haplo2
                offspring.append(Pea(new_genotype))
        return offspring 
               
    def get_tab_separated_text(self):
        return '%s\t%s' % (self.genotype, self.get_phenotype())   
        
    def __repr__(self):
        return '(%s)' % self.genotype + '-----' + self.get_phenotype()


yellow = Pea("GG")

print(yellow.genotype)
GG

print(yellow.get_phenotype())
yellow

print(yellow)
(GG)-----yellow

# GG * gg
f1 = yellow.create_offspring(green)

print(f1[0])
(Gg)-----yellow

print(f1[1])
(Gg)-----yellow

# Gg * Gg
f2 = f1[0].create_offspring(f1[1])
print(f1)
print(f2)
[(Gg)-----yellow, (Gg)-----yellow, (Gg)-----yellow, (Gg)-----yellow]
[(GG)-----yellow, (Gg)-----yellow, (gG)-----yellow, (gg)-----green]

for pea in f2:
    print(pea.get_tab_separated_text())
GG      yellow
Gg      yellow
gG      yellow
gg      green