ggplot2：气泡图出错

先在数据框所在目录内建立一个脚本(新建.txt文件，然后将后缀名改为.R或者.r)。

1.列出当前目录下后缀名为.csv的文件，即需要导入的数据，组成向量，并传递给myfiles

myfiles <- list.files(pattern = "*.csv")

2.列出它的文件名，检查有没有列出需要读取的文件

myfiles

3. 读取文件，[1]代表列出的第一个文件，如果列出多个文件，修改为对应的数值

Pathway<-read.table(myfiles[1],sep=',',header=T,row.names=1,check.names = FALSE)

4.接下来，ggplot2

library(ggplot2)
p = ggplot(Pathway,aes(pvalue,Pathway))
p

结果报错:

#Don't know how to automatically pick scale for object of type data.frame. Defaulting to continuous.
#Error: Aesthetics must be either length 1 or the same as the data (20): y

修改读取文件时的参数，

Pathway<-read.table(myfiles[1],sep=',',header=T,check.names = FALSE)
p <- ggplot(exprdata,aes(Richfactor,Pathway)) +#以富集因子和pathway名称为X轴和Y轴
  geom_point(aes(size=Count,color=-1*log10(pvalue)))+ #点图大小和颜色数据
  scale_colour_gradient(low="green",high="red")+ #颜色变化
  labs(color=expression(-log[10](pvalue)),size="Gene number",x="Rich factor",y="Pathway name",title="Top20 of pathway enrichment")#标签名称
pr=p+theme_bw()
pr

注意：Richfactor，Pathway，Count，pvalue，这些都是变量名，需要与自己的数据内的变量名一致，即每一列的列名。