从本篇起大明王朝将逐渐走向没落。
第1-9章写明神宗朱翊钧在位期间的故事，年号万历。
张居正死后初期，明神宗尚能保持对朝政的兴趣，在位期间有东林党争、国本之争等重大事件，对外有朝鲜之役与萨尔浒之战。万历一朝成为明朝由盛转衰的转折期。国本之争主要围绕着皇长子朱常洛与福王朱常洵。明神宗迟迟不立太子，令群臣忧心如焚。直到1601年，朱常洛才被封为太子，朱常洵被封为福王。但是福王迟迟不离京就任藩王。直到梃击案发生，舆论对郑贵妃不利后，福王才离京就藩。明神宗于国本之争对大臣极度不满，自1587年后，就开始连续不上朝作为报复，仅处理一些重要事件。自1588年后，早朝也经常看不到他，整日在深宫中不理政事。
明朝的言官真是“严管”啊，皇帝想立个太子都立不成，最后不得以听从了言官的建议。看来在明朝即使是贵为皇帝也不是能够为所欲为啊。
东林党源于顾宪成组办的东林书院。东林党争起因是内阁缺人，顾宪成极力主张颇有政绩的淮扬巡抚李三才入阁，结果被反对李三才入阁的势力抹黑漫骂，东林党因此兴起，朝中其它各党便集中火力攻击东林党。阉党专权后，东林党更受到严重打击，直到崇祯年间东林党才重新被启用。
由于明神宗不理朝政，缺官现象非常严重。1602年，南北两京共缺尚书三名，侍郎十名；各地缺巡抚三名，布政使、按察使等六十六名，知府二十五名。明神宗委顿于上，百官党争于下，明廷完全陷入空转之中。官僚队伍中党派林立，互相倾轧，如东林党、宣党、昆党、齐党、浙党等名目众多，但其所议议题却不是如何改良朝政，只是人事布局而已。在东北，由于深受明神宗信任的辽东总兵李成梁后期腐化堕落，大肆谎报军情，骗取军功封赏，军事打击目标上偏袒努尔哈赤势力，致使明末边患严重，并最终导致清朝入主中国。因此《明史》言：“论者谓：明之亡，实亡于神宗。”
在军事方面，万历朝以万历三大征最为功勋卓著，三战皆胜以巩固明朝边疆、守护朝鲜王朝，但也消耗了明朝国库存银。1617年，努尔哈赤以“七大恨”反明，两年后在萨尔浒之战中大败明军，明朝对后金从此转为战略防御。
官与吏
事实上，明代的公务员，并非都是政府官员，它分为两种：官与吏。 参加科举考试，考入政府成为公务员的，是官员。就算层次最低、底子最差的举人（比如海瑞），至少也能混个县教育局长。 可问题在于，明朝的官员编制是很少的，按规定，一个县里有品级，吃皇粮的，只有知县（县长）、县丞（县政府办公室主任）几个人而已。 而没有品级，也吃皇粮的，比如教谕（教育局长）、驿丞（县招待所所长），大都由举人担任，人数也不多。在一个县里，只有以上人员算是国家公务员，换句话说，他们是领国家工资的。然而一个县只靠这些人是不行的，县长大人日理万机，无论如何是忙不过来的，所以手下还要有跑腿的，偷奸耍滑的，老实办事的，端茶倒水的。 这些被找来干活的人，就叫吏。 吏没有官职、没有编制，国家也不给他们发工资，所有收入和办公费用都由县里解决，换句话说，这帮人国家是不管的。 虽然国家不管，没有正式身份，也不给钱，但这份职业还是相当热门，每年都有无数热血青年前来报考，没关系还当不上，也着实吸引了许多杰出人才，比如阳谷县的都头武松同志，就是其中的优秀榜样。 这是因为在吏的手中，掌握着一件最为重要的东西——权力。 一般说来，县太爷都是上级派下来的，没有根基，也没有班底，而吏大都是地头蛇，
第10章写明光宗朱常洛在位期间的故事。
1620年，明神宗驾崩。其长子朱常洛登基，为明光宗，明光宗仅在位一个月，八月二十九日，又因服用李可灼的红丸，九月一日五更时猝死。明熹宗继位，改元天启。
宦官的等级
宫里，能被称为“太监”的，都是宦官的最高领导，太监以下，是少监，少监以下，是监丞，监丞以下，还有长随、当差。 当差以下，就是火者了。
第11-20章写明熹宗朱由校在位期间的故事，年号天启。
明熹宗早期大量启用东林党人，加剧东林党争，明熹宗因此对朝政失去耐心，魏忠贤趁机干预政治，拉拢齐楚浙党，号为阉党。1624年后，阉党把握朝政，魏忠贤擅权跋扈，爪牙遍布全国，并大肆打击东林党，借“梃击案、红丸案、移宫案为由，唆使其党羽伪造《东林党点将录》上报朝廷，1625年明熹宗下诏，烧毁全国书院。大量东林党人入狱，甚至处死，天启年间的朝政混乱导致内忧外患加剧。
1626年北京西南隅的工部王恭厂火药库发生王恭厂大爆炸，造成2万多人死伤。当时东北方的后金逐步占领辽东地区。1626年，努尔哈赤率军攻打宁远，明军在袁崇焕的指挥下凭借坚城固守抗敌，最终击败后金军，并击伤努尔哈赤，史称“宁远大捷”。不久后，努尔哈赤死去，其子皇太极即位。
三法司
三法司，即是明朝的三大司法机关：大理寺、都察院、刑部，大致相当于今天的司法部、监察部、最高人民检察院、最高人民法院等若干部门。
忠臣杨涟之死
天启五年（1625）七月二十四日夜。 许显纯把一根大铁钉，钉入了杨涟的头顶。 这一次，奇迹没有再次出现，杨涟当场死亡，年五十四。 伟大的殉道者，就此走完了他光辉的一生！ 杨涟希望，他的血书能够在他死后清理遗物时，被亲属发现。 然而这注定是个破灭的梦想，因为这一点，魏忠贤也想到了。 为消灭证据，他下令对杨涟的所有遗物进行仔细检查，绝不能遗漏。 很明显，杨涟藏得不好，在检查中，一位看守轻易地发现了这封血书。 他十分高兴，打算把血书拿去请赏。 但当他看完这封血迹斑斑的遗言后，便改变了主意。 他藏起了血书，把它带回了家，他的妻子知道后，非常恐慌，让他交出去。 牢头并不理会，只是紧握着那份血书，一边痛哭，一边重复着这样一句话： “我要留着它，将来，它会赎清我的罪过。”
三年后，当真相大白时，他拿出了这份血书，并昭示天下。 如下： 〖仁义一生，死于诏狱，难言不得死所，何憾于天，何怨于人？唯我身副宪臣，曾受顾命，孔子云：托孤寄命，临大节而不可夺。持此一念终可见先帝于在天，对二祖十宗于皇天后土，天下万世矣！ 大笑大笑还大笑，刀砍东风，于我何有哉！〗 他不知道自己还能活多久，不知道死后何人知晓，不知道能否平反，也不知道这份血书能否被人看见。 毫无指望，只有彻底的孤独和无助。 这就是阴森恐怖的牢房里，肋骨尽碎的杨涟，在最为绝望的时刻，写下的文字，每一个字，都闪烁着希望和光芒。 拷打、折磨，毫无人性的酷刑，制服了他的身体，却没有征服他的意志。
无论何时，他都坚持着自己的信念，那个他写在绝笔中的信念，那个崇高、光辉、唯一的信念： 〖涟即身无完骨，尸供蛆蚁，原所甘心。 但愿国家强固，圣德刚明，海内长享太平之福。 此痴愚念头，至死不改。〗
有人曾质问我，遍读史书如你，所见皆为帝王将相之家谱，有何意义？ 千年之下，可有一人，不求家财万贯，不求出将入相，不求青史留名，唯以天下、以国家、以百姓为任，甘受屈辱，甘受折磨，视死如归？
我答：曾有一人，不求钱财，不求富贵，不求青史留名，有慨然雄浑之气，万刃加身不改之志。 杨涟，千年之下，终究不朽！
杨涟之死看得我义愤填膺，不停地扼腕叹息。明朝这种腐朽的政治制度，不被打败才怪呢！所有的生杀大权都掌握在皇帝一人手中，而皇帝也是人，不可能面面俱到，碰到一代明君还好，要是碰到明熹宗朱由校这样的昏君只能导致奸臣当道，党争不断，言官们在乎的并非事情的对与错，而是这件事对自己是否有利，对方是不是自己的人。这种腐朽的政治制度必然会崩塌！！！
作者对东林党的评价
三十年前，面对黑暗污浊的现实，意志坚定的吏部员外郎顾宪成相信，对的终究是对的，错的终究是错的。于是他决心，建立一个合理的秩序，维护世上的公义，使那些身居高位者，不能随意践踏他人，让那些平凡的人，有生存的权利。 为了这个理想，他励精图治，忍辱负重，从那个小小的书院开始，经历几十年起起落落，坚持道统，至死不渝。在他的身后，有无数的追随者杀身成仁。 然而杀身固然成仁，却不能成事。 以天下为己任的东林党，终究再无回天之力。
其实我并不喜欢东林党，因为这些人都是书呆子，自命清高，还空谈阔论，缺乏实干能力。 小时候，历史老师讲到东林党时，曾说道：东林党人并不是进步的象征，因为他们都是封建士大夫。 我曾问：何谓封建士大夫？ 老师答：封建士大夫，就是封建社会里，局限、落后，腐朽的势力，而他们的精神，绝不代表历史的发展方向。 多年以后，我亲手翻开历史，看到了另一个真相。
所谓封建士大夫，如王安石、如张居正、如杨涟、如林则徐。
所谓封建士大夫精神，就是没落，守旧，不懂变通，不识时务，给脸不要脸，瞧不起劳动人民，自命清高，即使一穷二白，被误解，污蔑，依然坚持原则、坚持信念、坚持以天下为己任的人。
他们坚信自己的一生与众不同，高高在上，无论对方反不反感。
坚信自己生来就有责任和义务，去关怀与自己毫不相干的人，无论对方接不接受。
坚信国家危亡之际，必须挺身而出，去捍卫那些自己不认识，或许永远不会认识的芸芸众生，并为之奋斗一生，无论对方是否知道，是否理解。
坚信无论经过多少黑暗与苦难，那传说了无数次，忽悠了无数回，却始终未见的太平盛世，终会到来。
在我看来局限、落后，腐朽的是政治制度，而东林党人是在这种政治制度里希望做好事的一群人，起码他们有自己士大夫的底线，比魏忠贤的阉党不知道高出多少个等级
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