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问题 14. 为什么用GFF3/GTF进行基因结构格式化?一直失

问题 14. 为什么用GFF3/GTF进行基因结构格式化?一直失

作者: 生信石头 | 来源:发表于2020-03-29 18:23 被阅读0次

    问题

    这个问题绝对是 TBtools 妥妥的常见问题。一般会看到用户的提问是:


    【忽略这两张图不完全对应】

    用户往往会看到这样的报错信息,然后部分人知道怎么做,部分人不知道。前者,已经掌握了生信软件常见使用问题解决逻辑,后者...还需要时间。

    解决

    使用任何生物信息软件遇到问题时,第一件事是,看报错信息。TBtools使用遇到报错,往往都会弹出黑框,而报错信息就在黑框里面。对于这个报错信息,其实比较明显。


    大体就是说,报错信息在上面。看看上面,大体意思是,你用的ID啊,TBtools在你的GFF3、GTF文件中找不到,请你用类似下面ID的ID。
    这个时候,只要你复制TBtools提示的几个ID,一定可视化成功。

    所以对照下ID就知道怎么调整了。
    回过头来,看看为什么



    很明显,所有的基因结构【其实就是转录本的外显子或CDS】注释信息中,Parent或者ID都带有-mRNA-1
    带上就可以了
    但是,具体ID如何,希望用户还是自己多看看提示,对照对照自己给的ID,是否符合格式。

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