存储基因和转录本的结构信息，gtf和gff3两种格式都可以。在实际分析时，会需要转换两种格式。比如，NCBI 只提供了GFF格式的下载文件，我们需要转换成GTF文件之后再使用。
今天介绍通过gffread小工具实现GFF与GTF格式的转换。
安装
conda install -c bioconda gffread
使用
gffread test.gff3 -T -o test.gtf #gff3格式转换为gtf
gffread test.gtf -o test.gff3 #gtf格式转换为gff3
存储基因和转录本的结构信息，gtf和gff3两种格式都可以。在实际分析时，会需要转换两种格式。比如，NCBI 只提...
安装cufflinks GFF3与GTF格式相互转换
用gffread进行转换 1.gff格式转gtf 2.gtf转gff
适用于 NCBI 数据库中 gff 格式文件转换为 gtf 格式，使用 perl 代码实现：
GFF文件与GFF文件来源 1.1 GFF文件来源 1.1 GTF文件来源 GFF文件与GTF文件格式 2.1 ...
GFF/GTF格式 01 格式 1.GFF（general feature format ): 通用特征格式，格式...
基因组注释文件GTF/GFF格式的介绍 GFF 2 -> GTF -> GFF 3 The GTF ...
gff和gtf格式都可以储存基因信息，但是不同的软件对于文件格式的要求不同。 关于gff文件和gtf格式的详细介绍...
在上一篇文章中，介绍了利用gffread进行gff和gtf的格式转换，但是会丢失一些信息，比如UTR，因此这篇文章...
一、格式介绍 （一）gtf文件。GTF 为General Transfer Format缩写，跟 GFF2格式类似...
本文标题：通过Linux小工具实现GFF格式与GTF格式的转换
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/yxorwrtx.html
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