存储基因和转录本的结构信息,gtf和gff3两种格式都可以。在实际分析时,会需要转换两种格式。比如,NCBI 只提供了GFF格式的下载文件,我们需要转换成GTF文件之后再使用。
今天介绍通过gffread小工具实现GFF与GTF格式的转换。
安装
conda install -c bioconda gffread
使用
gffread test.gff3 -T -o test.gtf #gff3格式转换为gtf
gffread test.gtf -o test.gff3 #gtf格式转换为gff3
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