通过Linux小工具实现GFF格式与GTF格式的转换

存储基因和转录本的结构信息，gtf和gff3两种格式都可以。在实际分析时，会需要转换两种格式。比如，NCBI 只提供了GFF格式的下载文件，我们需要转换成GTF文件之后再使用。

今天介绍通过gffread小工具实现GFF与GTF格式的转换。

安装

conda install -c bioconda gffread 

使用

gffread test.gff3 -T -o test.gtf #gff3格式转换为gtf
gffread test.gtf -o test.gff3 #gtf格式转换为gff3