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基因数据库

NCBI

凡是涉及到基因相关信息，我们就会想到各式各样的基因数据库，一说到基因数据库就会忍不住想到NCBI，是的没错，我们打开NCBI查一查吧！结果如图：

MALAT1在人体不同组织中的表达，横坐标为sample，纵坐标为RPKM：RPKM是Reads Per Kilobase per Million mapped reads的缩写，代表每百万reads中来自于某基因每千碱基长度的reads数。RPKM是将map到基因的read数除以map到基因组上的所有read数(以million为单位)与RNA的长度(以KB为单位)。

假如reads长度是150 bp，测序深度30X，按照（30亿*30X的深度/150reads长度）=可得6亿条reads，那么根据图可知emm...这个MALAT1的每百万条reads里就有5-150条有MALAT1（Jimmy说RPKM到达100就算是高的了）。

NIH-GTEX

GTEx是一个收录正常人体组织的测序结果的基因数据库。搜索MALAT1后结果如下，可见MALAT1在正常人体组织中的TPM（Transcripts per million）是非常高。

GeneCards®: The Human Gene Database

GeneCards类似于各大基因数据库的搜索引擎和总结。搜索MALAT1--转到Expression section后结果如下：

如图可知MALAT1的RNAseq数据，其FPKM (Fragments Per Kilobase Million)含量也是非常高的。

综上所述，从三个基因数据库查阅得知，MALAT1确实是一个高丰度且分布广泛的基因。

只不过，RPKM、TPM、FPKM三个单位是不是让你傻傻分不清楚这是啥玩意儿，没错我也很好奇，所以狠狠的撸了一把StatQuest的教学视频，想要了解的小伙伴，留言让我知道~那我们还可以出一波RPKM、TPM、FPKM解说推文~~