2023-04-06 xiewei老师8cATAC数据探索

师妹的数据线粒体基因组含量30%，FRiP值4%，这个过于低了（标准是0.2）
一方面，用YQY数据做了一下检测流程没问题，他的数据质量比师妹的还要差
另一方面，下载颉伟老师的数据，看一下FRiP值是不是胚胎的就是比较低

1、数据解压

/storage2/anlei/wangwenjing/software/sratoolkit.3.0.2-ubuntu64/bin/fastq-dump --split-3 --gzip SRR2927022.sralite.1

2、TrimGalore过滤

trim_galore -q 25 --phred33 --length 35 -e 0.1 --stringency 4 --paired -o /storage2/anlei/MLZ/test/xiewei/clean/ SRR2927022.sralite.1_1.fastq.gz SRR2927022.sralite.1_2.fastq.gz

3、Bowtie2比对并用samtools转bam