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画个火山图而已?当然不是。

画个火山图而已?当然不是。

作者: 生信石头 | 来源:发表于2019-03-29 08:52 被阅读387次

写在前面

前两天我推了一个博文《不就画个火山图吗?有那么难吗?》。放出了一个传说中的火山图绘制功能。怎么说呢?难道,所有人都以为我就只是想画个图,交差了事?当然不是!经费是导师的,课题是自己的。画图的目的不仅仅在于展示,而是在于探索。

很多人以为,R的图层语法实现,即常说的ggplot2是用来画好看图片的!错!大错特错。ggplot2走的是探索式绘图,最强大的根本不是画好看图片,而是支持数据探索。

回到主题,我写火山图功能,当然可以让所有人都快速且高效的出图,但是我的主要目的并没有变化---仍然是数据探索。

所有人都高效绘制火山图

  1. 打开TBtools,找到火山图绘制功能


  2. 10秒完成火山图绘制
    通常情况下,我们会准备为以下格式,并保存为txt文本文件。其中第一列是GeneID,第二列是Log2FoldChange值,第三列是pvalue。列以制表符分隔。


    如果你准备好了这个数据,那么就放到拖拽并放置到TBtools里面

    随后点击Start即可

    出图后,Ctrl+S保存图片。
  1. 初级操作
    很多时候,我们会通过各种方式获得基因差异表达分析结果,但是每次都要整理三列表格,那不是纯粹浪费时间吗?比如下面这种

那么这个时候,在输入数据的主界面调整下对应的列索引就可以了


当然,如果你并没有Log2FoldChange值,只有FoldChange,那么勾选这个,程序会帮你取个log2


出图结果,当然一样,参考上图

基本的图片参数控制

如果只是输出这么一张固定模式的图,那么起始,不如用Excel来得快。所以图片是可以调整的。
点击“Show Control Panel”,跳转图片绘制控制参数,


参数太多,这里不做一一解释。事实上,所有GUI工具,唯一的使用手册就是鼠标乱试一遍
比如,调整pvalue和foldChange阈值

当然,有两个参数是需要解释一下的。
比如,你想标记出表达变化最明显的前10个到底是谁?

或者你想标记出你感兴趣的基因,
那么你应该先准备基因的ID列表,如下


随后从参数界面中,点击Highlight Genes按钮

结果当然没问题

图片是交互的

自从我实现了JIGplot,并将其应用到TBtools之后,TBtools的所有图片,起始都是可交互的
也就是说,当然你把鼠标移动到某一个点时,你可以看到这个点的信息,

当然,你可以对某个点进行右键菜单调整,


甚至,你还可以直接搜索

比如查看这个基因的数个转录本都到哪里


鼠标滚轮放大,查看具体细节


不仅于此

前述提到,探索数据才是我们的根本目的。所以,事实上,只要你双击某个点

你再双击一个你觉得好看的点,于是会得到


所以,你发现这事实上是一个表格筛选工具!!!


你成功地筛选出来两个候选基因

写在最后

...赶车去了,就不写了。
欢迎访问本课题组网站
园艺植物小分子RNA与基因组研究-夏瑞课题组

课题组主页:http://xialab.scau.edu.cn/

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