GWAS共定位分析

共定位的类型包括：

1. GWAS和eQTL[基因的表达数量性状位点]共定位；
2. GWAS和sQTL[剪切]共定位；
   NC文献
   THISTLE工具文献
3. GWAS和mQTL[甲基化]共定位；NG文献mQTL
4. GWAS和pQTL[蛋白质数量性状位点]共定位；Science文献 pQTL
   pQTL分两类：顺式pQTL（cis-pQTL）为靠近编码蛋白质的基因；反式pQTL（trans-pQTL）距离编码蛋白质的基因较远，通常位于不同染色体上。
   pQTL是一种研究基因型-蛋白质关联的方法。由于蛋白质代表疾病的中间表型，并提供对遗传和非遗传风险因素如何与临床链接的信息。蛋白质水平和DNA序列变异与常见疾病风险等位基因共定位之间的关联可揭示疾病机制，揭示新型药物靶点和生物标记物。

在这个方法中有四个假设：H0: 表型1（GWAS）和 表型2 （QTL）与某个基因组区域的所有SNP位点无显著相关。H1/H2：表型1（GWAS）或表型2（QTL）与某个基因组区域的SNP位点显著相关。H3：表型1（GWAS）和 表型2 （QTL）与某个基因组区域的SNP位点显著相关，但由不同的因果变异位点驱动。 H4：表型1（GWAS）和 表型2 （QTL）与某个基因组区域的SNP位点显著相关，且由同一个因果变异位点驱动。

所以共定位分析，本质上是在检验第四种的后验概率；基于上面的假设，第四种设想 H4 在统计学上概率越高，越能解释显著信号位点如何影响表型。H4值的范围在0-1之间，0表示概率为0%，1表示概率为100%。后验概率越高越好。一般文献认为0.75~ 0.95的位点是共定位位点。
转载自孟德尔随机化联合共定位分析的简介