XiaLab的Read2Counts.pl

写在前面

写了一个脚本，整理了一些命令。方便课题组所有人，具体功能是:

从Fastq格式的数据直接到Counts数据

下面介绍用法，

输入数据

1.样本数据

ls -1  S*.fastq

SRR3080055.sra_1.fastq
SRR3080055.sra_2.fastq
SRR3080056.sra_1.fastq
SRR3080056.sra_2.fastq
SRR3080057.sra_1.fastq
SRR3080057.sra_2.fastq
SRR3080058.sra_1.fastq
SRR3080058.sra_2.fastq
SRR3080059.sra_1.fastq
SRR3080059.sra_2.fastq

整理成一个表格

ls S*.fastq|paste - - > sample.list.txt
cat sample.list.txt

表格内容如下

SRR3080055.sra_1.fastq  SRR3080055.sra_2.fastq
SRR3080056.sra_1.fastq  SRR3080056.sra_2.fastq
SRR3080057.sra_1.fastq  SRR3080057.sra_2.fastq
SRR3080058.sra_1.fastq  SRR3080058.sra_2.fastq
SRR3080059.sra_1.fastq  SRR3080059.sra_2.fastq

2.参考基因组

A_subgenome.fa

3.基因结构注释信息

A_subgenome.gff3

运行流程

perl /tools/Read2Counts.pl A_subgenome.fa sample.list A_subgenome.gff3

然后就等着就可以了