2023-02-20 SnpSift 安装及使用

作者: candel | 来源:发表于2023-02-19 19:46 被阅读0次

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SnpSift 可以分割染色体，截取部分vcf文件。
具体使用方法见：
https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/108079138?spm=1001.2101.3001.6650.3&utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7ECTRLIST%7ERate-3-108079138-blog-108079137.pc_relevant_recovery_v2&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7ECTRLIST%7ERate-3-108079138-blog-108079137.pc_relevant_recovery_v2&utm_relevant_index=6

但其安装容易遇到Java版本问题。
可以新建一个conda 环境，然后安装SnpSift

 conda install -c bioconda snpsift

参考：
https://zhuanlan.zhihu.com/p/476561285

使用方法：

zcat Chr9.SampleRename.maffiltered.vcf.gz |  SnpSift filter "( POS > 123456 ) & ( POS < 654321 )" > filtered.vcf
zcat FinalSNP.SampleRename.maffiltered.Chr.vcf.gz |  SnpSift intervals my_intervals.bed > LI.vcf

my_intervals.bed 格式

chr  start  end

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