转录组+代谢组,是基于代谢组和转录组数据,开展表达基因(mRNA)与代谢物的相关性分析。可实现差异代谢物与时序表达的差异基因的共表达分析,构建核心调控网络机制,找出其中的关键候选基因,揭示表型现象的内在调控分子机制,阐述生物学现象。
作为与表型连接最为紧密的代谢组,代谢物能反映生物体的真实生理状态,代谢物的变化直接导致表型的变化。有了代谢组学的“加持”,通过转录组+代谢组的多组学研究策略,可为我们挖掘重要代谢相关功能基因提供一个有效、快捷手段,为基因组研究提供新思路新方案以及丰富研究结果。两组学可互相验证,彼此补充。
下面我们来看一篇凌恩生物客户高分paper的案例~
译名:暴露在SER环境对黄颡鱼的行为模式和生长状态的影响
时间:2021-5
期刊:Journal of Hazardous materials
影响因子:14.224
DOI:10.1016/j.jhazmat.2020.124974
人类药物已经成为全球性的水生污染物,由于药物设计具有特定的作用机制,接触这些化学品会对水生生物产生不利影响,舍曲林(SER)属于选择性5-羟色胺再摄取抑制剂(SSRI)类抗抑郁药,是治疗临床抑郁症和选择性强迫症最常用的抗抑郁药之一,也是水生环境中最常检测到的药物之一,但其对鱼类行为和生长的影响仍知之甚少。本研究对黄颡鱼暴露与SER环境中后,通过对黄颡鱼脑、肝组织的转录组分析,以及对肌肉组织的SER靶向代谢分析,深入探究SER对黄颡鱼的行为模式和生长状态的影响。
总结
1、在暴露后,随环境中SER浓度增加可观察到异常浅游现象增加,食物消耗和生长减少,自相残杀增加以及尾长减少,高浓度下死亡率有增加。
2、乙酰胆碱酯酶 (AChE) 活性和转录物测定表明,暴露于 10 和 100 μg/L SER 的鱼的 AChE 活性增加。暴露于 SER 后,大脑中神经肽 Y、生长抑素、生长激素和胰岛素生长因子 1 的转录水平降低。
3、脑组织和肝脏的 RNA-seq 显示,与进食和生长相关的基因(即大脑中的瘦素表达网络和肝脏中的胰岛素信号通路)发生了改变,可能与食物摄入减少和生长有关。大脑还积累了 SER,这可能与神经行为反应有关。
4、在肝脏中检测到 SER 的主要代谢物去甲舍曲林,这表明 SER在鱼的肝脏中被代谢。
文章解读链接:https://mp.weixin.qq.com/s/n6cp7_oQqQAHXN_Gpkc64g
看完文章有没有思如泉涌想做的分析一套一套的?快来把意向告诉我们吧,资深团队助你发高分paper!
网友评论